<br>Hi GROMACS users,                              <br>I wish to study proteins behaviour,With the help of command<br> genbox -ci protein.gro -nmol &lt;no of protein &gt;.. -box &lt;box size&gt;  <br>-o &lt;out put file&gt; -p &lt;topology file&gt;   I am putting the four peptide <br>

at random positions, but I need to put theem close enough so they<br> are forming at least one hydrogen bond or at least enough close to <br><div class="gmail_quote">start interact  immediately with one another ..<br>
I don´t wish to reduced by box size ... <br>  All suggestions are appreciated for my <br>problem<br> Thank you in advance..<br>Have a nice day..<br><br>
</div><br>