<div>Dear Justin and Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I extracted 42 frames from my trajctory of pulling ligand away from my protein (no position restarined). I would like to run NPT before running umbrella sampling simulations. As far I see Justin in his tutorial NPT and umbrella sampling mdp files looks the same which means you did not restrain whole protein in your system during NPT? Why?</div>

<div>Shall rund NPT withou restraining protein and ligand before umbrella sampling in each window?</div>
<div> </div>
<div>Thank you,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>