<html>

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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 24/02/2012 4:06 PM, ramesh cheerla wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

        <div id=":4u">Dear Gromacs users,<br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i am planning to use

          buckingham potential for non-bonded interactions. i am

          specifying the same thing in the [defaults] directive&nbsp; of the

          forcefield.itp file as <br>

          &nbsp;<br>

          [ defaults ]<br>

          ; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ

          fudgeQQ<br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;

          0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

          Here my doubt are <br>

          1)&nbsp; Am i using correct&nbsp; options for the combination-rule and

          fudgeQQ ? <br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    See 4.1.2 for combination rule. fudgeQQ effects electrostatic

    interactions.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

        <div id=":4u">

          2)&nbsp;&nbsp; what i understood from manual is usage of option 'yes'

          for the gen-pairs is not allowed with the buckingham potential

          and fudgeLj is used only when gen-pairs is set to 'yes'&nbsp;&nbsp; is

          my understanding correct?<br>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    Yes. See 5.7.1<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

        <div id=":4u">

          <br>

          <br>

          Thank you in advance.<br>

          <br>

          <br>

          <br>

          Regards,<br>

          Ramesh.

          <div class="adL"><br>

          </div>

        </div>

      </div>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>