I thought this time to be sufficient without any reasonable basis.<div>shahid Nayeem <br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 24, 2012 at 7:40 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
My system is a  protein-protein complex. After pulling I selected windows at 0.1nm from an initial COM distance of 3.65nm to 5.7nm and thereafter windows at 0.2nm spacing was selected  upto 7.5nm. In each window 10ns MD was done and g_wham command was run neglecting the fist 1ns run for equilibriation.<br>

</blockquote>
<br></div>
OK, so how did you decide that 10 ns was sufficient in each window?<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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-- <br>
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