<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 24/02/2012 5:15 PM, Mark Abraham wrote:

    <blockquote cite="mid:4F472B1C.8020301@anu.edu.au" type="cite">

      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

        http-equiv="Content-Type">

      On 24/02/2012 4:06 PM, ramesh cheerla wrote:

      <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

        type="cite">

        <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

          <div id=":4u">Dear Gromacs users,<br>

            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i am planning to use

            buckingham potential for non-bonded interactions. i am

            specifying the same thing in the [defaults] directive&nbsp; of

            the forcefield.itp file as <br>

            &nbsp;<br>

            [ defaults ]<br>

            ; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ

            fudgeQQ<br>

            &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

            &nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

            Here my doubt are <br>

            1)&nbsp; Am i using correct&nbsp; options for the combination-rule and

            fudgeQQ ? <br>

          </div>

        </div>

      </blockquote>

      <br>

      See 4.1.2 for combination rule.</blockquote>

    <br>

    Actually, 4.1.2 is wrong about the combination rule for B. See

    example in 5.7.1 for correct combination rule.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:4F472B1C.8020301@anu.edu.au" type="cite">

      fudgeQQ effects electrostatic interactions.<br>

      <br>

      <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

        type="cite">

        <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

          <div id=":4u"> 2)&nbsp;&nbsp; what i understood from manual is usage of

            option 'yes' for the gen-pairs is not allowed with the

            buckingham potential and fudgeLj is used only when gen-pairs

            is set to 'yes'&nbsp;&nbsp; is my understanding correct?<br>

          </div>

        </div>

      </blockquote>

      <br>

      Yes. See 5.7.1<br>

      <br>

      Mark<br>

      <br>

      <blockquote

cite="mid:CAPNFZqe0QLQM9+0jNk-_CR1aArW2ZgbsO2U5St+YCVA1V3v-qA@mail.gmail.com"

        type="cite">

        <div id=":4t" class="ii gt adP adO">

          <div id=":4u"> <br>

            <br>

            Thank you in advance.<br>

            <br>

            <br>

            <br>

            Regards,<br>

            Ramesh.

            <div class="adL"><br>

            </div>

          </div>

        </div>

        <br>

        <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

        <br>

      </blockquote>

      <br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>