Hi GROMACS user,<br>                          With the help of command <br>genbox -ci &lt;molecule name&gt; -nmol &lt;molecule no required&gt;<br> -o &lt;out put file&gt; -box &lt;dimension &gt; <br> I get the desired no of added protein to cell.<br>

 But I found that some part of protein is outside  <br>the cell ..<br>   Is such system is good for further molecular dynamics study ...?? <br><br> After energy minimisation some time the protein is leaving the cell,<br>
 Can I used these last frame for my further position restrained MD <br>
study...???<br>  Thank you for help <br><br> <br>