Mark,<br><br><br>So as I understood the ussage of X-ray structure as the starting model where the internal water is already present might be good in case to avoid those sterric issues doesn&#39;t it ? <br><br>What are additional options should I use for preparation of such system with pdb2gmx ? Should I use posres on the internal water  ( e.g on oxygen atoms) during energy minimisation and equilibration phases?<br>
<br><br>James<br><br><br><div class="gmail_quote">2012/2/24 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><div class="im"><br>
    </div>
    Might work, but there are lots of steric issues and potential
    problems.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span></div></blockquote></div>