<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 24/02/2012 5:20 PM, ramesh cheerla wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAPNFZqfH+a9kkO9G+MuJP+VESYU1QUCqoPQWqzGVS9ukfWBXDg@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Mark <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am very thank ful to you for your valuble
      suggestion. I have verified my results by changing the sigma and
      epsilon values in&nbsp;&nbsp; [atomtypes ] directive of the ffnonbonded.itp
      . Results were uneffected by changing these values.<br>
      Here i have one another doubt regarding [ pairtypes ] directive,
      As I am using <span class="img A"
        style="width:198px;height:65px;margin-top:12px;margin-right:5px">buckingham
        potential for the nonbonded interactions and&nbsp; have only A, B
        &amp; C&nbsp; values can i use zeros for the sigma and epsilon values
        in this directive. What i observed is results will change&nbsp; by
        changing the </span>sigma and epsilon values in this directive.<br>
      Please suggest me how can i use correct values for the sigma and
      epsilon in [ pairtypes ]&nbsp; directive.<br>
    </blockquote>
    <br>
    As I understand things, pairs for special 1-4 interactions are not
    used with Buckingham interactions.<br>
    <br>
    Looking closer at your original post, you claim to be adding a
    residue using Buckingham to an existing force field. No force fields
    distributed with GROMACS use Buckingham, so if you're trying to make
    both LJ and Buckingham work in the same simulation, you will be
    unable to succeed.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAPNFZqfH+a9kkO9G+MuJP+VESYU1QUCqoPQWqzGVS9ukfWBXDg@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      Thank you in advance.<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Thu, Feb 23, 2012 at 7:32 AM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt
          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div class="im">On 23/02/2012 6:02 AM, ramesh cheerla wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt
              0.8ex;border-left:1px solid
              rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
              Dear gromacs users,<br>
              <br>
              &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am adding a new residue to
              the existing force field in gromacs for that i am using
              some new atom types i added these atom types to the
              atomtypes.atp &nbsp;file &nbsp;and ffnonbonded.itp and &nbsp;I am using
              Buckingham potential for the non-bonded interactions for
              that i have only A,B&amp;C values, but in the [atomtype]
              directive of the ffnonbonded.itp file one has to specify
              the &nbsp;sigma and epsilon values. How can i get these values
              ? or can i specify these values as zeros ?<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          You will be able to use zeroes. You can verify that there's no
          effect by changing the values to ludicrous ones and observing
          that the simulation is the same.<span class="HOEnZb"><font
              color="#888888"><br>
              <br>
              Mark<br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </font></span></blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>