Hi <br>      i got that error in the step of pdb2gmx what can i do <br>i read also  <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Residue_%27XXX%27_not_found_in_residue_topology_database">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#Residue_%27XXX%27_not_found_in_residue_topology_database</a><br>
can any one tell exact reason and how i handle further <br>thanking you <br><br><br><br><br>-------------<br>All occupancies are one<br>Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomtypes.atp<br>
Atomtype 1<br>Reading residue database... (oplsaa)<br>Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.rtp<br>Residue 56<br>Sorting it all out...<br>Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.hdb<br>
Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.n.tdb<br>Opening force field file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/oplsaa.ff/aminoacids.c.tdb<br><br>Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.4#<br>
Processing chain 1 &#39;E&#39; (603 atoms, 20 residues)<br>Identified residue DG2 as a starting terminus.<br>Warning: Residue MN1022 in chain has different type (Other) from starting residue DG2 (DNA).<br>Identified residue DT20 as a ending terminus.<br>
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.5<br>Source code file: resall.c, line: 581<br><br>Fatal error:<br>Residue &#39;DG&#39; not found in residue topology database<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>-------------------------------------------------------<br>
<br><br><br>-- <br><span><font color="#888888"><b><span style="color:rgb(204,153,51)">S.VENKATESH,</span></b><br><span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">II M.Sc Bioinformatics,</span><br style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">Alagappa University,</span><br style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">
Karaikudi-630003<span></span></span><br style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">Tamil Nadu,</span><br style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(51,102,255)">India</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)"><br style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(51,102,255)">Mobile Phone:-</span><span style="color:rgb(0,0,0)"> 9486494616</span></span><br>
</font></span><br>