<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 26/02/2012 10:08 PM, shilpa yadahalli wrote:

    <blockquote

      cite="mid:1330254513.16212.YahooMailNeo@web39703.mail.mud.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times

        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">

        <div id="yiv605148117">

          <div>

            <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255,

              255, 255); font-family: times new roman,new

              york,times,serif; font-size: 12pt;">

              <div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740">Dear

                gmx-users,<span><br>

                </span></div>

              <div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740"><br>

              </div>

              <div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740">I am

                using&nbsp; CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) -

                version 2.0 force field with gromacs 4.5.2 version. <br>

                I want to retain my crystal waters in pdb file. I wrote

                crystal water according to the same convention when

                gromacs solvates protein molecule. <br>

                last pat of pdb looks like:<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1459&nbsp; CA&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.264&nbsp; -6.783&nbsp;&nbsp; 6.273&nbsp;

                0.0700 2.2750<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1460&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.604&nbsp; -7.603&nbsp;&nbsp; 5.021&nbsp;

                0.3400 2.0000<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1461&nbsp; OT1 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.488&nbsp; -7.171&nbsp;&nbsp; 4.243

                -0.6700 1.7000<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1462&nbsp; CB&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.865&nbsp; -7.422&nbsp;&nbsp; 7.524

                -0.1800 2.1750<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1463&nbsp; CG&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.295&nbsp; -7.028&nbsp;&nbsp; 7.888

                -0.0900 2.2750<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1464&nbsp; CD1 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.525&nbsp; -5.554&nbsp;&nbsp; 7.645

                -0.2700 2.0600<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1465&nbsp; CD2 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.541&nbsp; -7.378&nbsp;&nbsp; 9.338

                -0.2700 2.0600<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1466&nbsp; OT2 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.160&nbsp; -8.652&nbsp;&nbsp; 4.607

                -0.6700 1.7000<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1478&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.102&nbsp; -4.251&nbsp; 13.943

                -0.8340 1.7682<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1479&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.032&nbsp; -3.906&nbsp; 14.073&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1480&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.584&nbsp; -4.002&nbsp; 14.761&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1481&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.041&nbsp; -4.800&nbsp;&nbsp; 4.090

                -0.8340 1.7682<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1482&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.661&nbsp; -4.642&nbsp;&nbsp; 5.002&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1483&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.894&nbsp; -4.299&nbsp;&nbsp; 3.947&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1484&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.433&nbsp;&nbsp; 3.575&nbsp; 23.826

                -0.8340 1.7682<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1485&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.247&nbsp;&nbsp; 2.969&nbsp; 23.412&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                ATOM&nbsp;&nbsp; 1486&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.278&nbsp;&nbsp; 3.091&nbsp; 24.054&nbsp;

                0.4170 0.2245<br>

                <br>

                I used reference

                (<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct900549r">http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct900549r</a> ) that

                its better to use TIP4-point water model with CHARMM.

                But it gives me following fatal error: <br>

                <span style="font-weight: bold;">Residue 'HO4' not found

                  in residue topology database</span><br>

                But there is not such atom in my input file. I do not

                get such error if I'm using TIP3P water model. <br>

                Also, If i delete crystal water molecules, and use

                TIP4P, then it doens't give me any error (but i dnt

                water to delete crystal water molecule)<br>

              </div>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    pdb2gmx TIP4P support for CHARMM was mysteriously removed shortly

    before 4.5.2 in commit 73b6d63<br>

    <br>

    You can try adding the following to your aminoacids.rtp<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    [ HO4 ] <br>

    ; TIP4P<br>

    &nbsp;[ atoms ]<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OWT4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HWT4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.52&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HWT4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.52&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MWT4&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.04&nbsp;&nbsp; 0<br>

    &nbsp;[ bonds ]<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1<br>

    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2<br>

    <br>

  </body>

</html>