
<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div id="yiv605148117"><div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740">Dear gmx-users,<span><br></span></div><div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740"><br></div><div id="yiv605148117yui_3_2_0_15_132997981838740">I am using&nbsp; CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0 force field with gromacs 4.5.2 version. <br>I want to retain my crystal waters in pdb file. I wrote crystal water according to the same convention when gromacs solvates protein molecule. <br>last pat of pdb looks like:<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1459&nbsp; CA&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.264&nbsp; -6.783&nbsp;&nbsp; 6.273&nbsp; 0.0700 2.2750<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1460&nbsp;

 C&nbsp;&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.604&nbsp; -7.603&nbsp;&nbsp; 5.021&nbsp; 0.3400 2.0000<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1461&nbsp; OT1 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.488&nbsp; -7.171&nbsp;&nbsp; 4.243 -0.6700 1.7000<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1462&nbsp; CB&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.865&nbsp; -7.422&nbsp;&nbsp; 7.524 -0.1800 2.1750<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1463&nbsp; CG&nbsp; LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.295&nbsp; -7.028&nbsp;&nbsp; 7.888 -0.0900 2.2750<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1464&nbsp; CD1 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.525&nbsp; -5.554&nbsp;&nbsp; 7.645 -0.2700 2.0600<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1465&nbsp; CD2 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.541&nbsp; -7.378&nbsp;&nbsp; 9.338 -0.2700 2.0600<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1466&nbsp; OT2 LEU A&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.160&nbsp; -8.652&nbsp;&nbsp; 4.607 -0.6700 1.7000<br>ATOM&nbsp;&nbsp;

 1478&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.102&nbsp; -4.251&nbsp; 13.943 -0.8340 1.7682<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1479&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.032&nbsp; -3.906&nbsp; 14.073&nbsp; 0.4170 0.2245<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1480&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.584&nbsp; -4.002&nbsp; 14.761&nbsp; 0.4170 0.2245<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1481&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.041&nbsp; -4.800&nbsp;&nbsp; 4.090 -0.8340 1.7682<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1482&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.661&nbsp; -4.642&nbsp;&nbsp; 5.002&nbsp; 0.4170 0.2245<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1483&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.894&nbsp; -4.299&nbsp;&nbsp; 3.947&nbsp; 0.4170 0.2245<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1484&nbsp; OW&nbsp; SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.433&nbsp;&nbsp; 3.575&nbsp; 23.826 -0.8340

 1.7682<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1485&nbsp; HW1 SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.247&nbsp;&nbsp; 2.969&nbsp; 23.412&nbsp; 0.4170 0.2245<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 1486&nbsp; HW2 SOL A&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.278&nbsp;&nbsp; 3.091&nbsp; 24.054&nbsp; 0.4170 0.2245<br><br>I used reference (http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/ct900549r ) that its better to use TIP4-point water model with CHARMM. But it gives me following fatal error: <br><span style="font-weight: bold;">Residue 'HO4' not found in residue topology database</span><br>But there is not such atom in my input file. I do not get such error if I'm using TIP3P water model. <br>Also, If i delete crystal water molecules, and use TIP4P, then it doens't give me any error (but i dnt water to delete crystal water molecule)<br><br>Can anyone please guide/comment regarding. <br>Thanks alot,<br>Shilpa<br><span class="yiv605148117tab"></span></div></div></div></div></div></body></html>