<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 26/02/2012 3:58 PM, dina dusti wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1330232320.11303.YahooMailNeo@web121306.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;
        font-size: 12pt;">
        <div>Dear Gromacs Specialists,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>My total time for simulation is 600000 ps (600 ns) because
          I work with MARTINI coarse-grained force field and this time
          is enough for my system,</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Different observables converge over different time scales. The
    autocorrelation time of potential energy in a fine-grained force
    field is around 1ps, but that of the kinetic energy is very much
    shorter. Atomic positions normally much longer.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:1330232320.11303.YahooMailNeo@web121306.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,
        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;
        font-size: 12pt;">
        <div> but when I do g_analyze -ee, I take this warning:&nbsp; <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Warning: tau2 is longer than the length of the data
          (864000)</div>
        <div> the statistics might be bad</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Should I increase the total time of simulation but this
          time is enough?!</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    We don't have any information with which to judge - and ultimately
    you will need to make this decision yourself.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>