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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 27/02/2012 6:35 PM, zhongjin wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1330328146.45546.YahooMailClassic@web15604.mail.cnb.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">
              <div>Dear GMX users,</div>
              <div>&nbsp;</div>
              <div>&nbsp;I find that tau_p value is very important to NTP
                simulation, when I use tau_p&nbsp; = 1ps, the default value,
                the box change a lot, only when I use tau_p = 10 ps, it
                is OK.</div>
              <div>&nbsp;</div>
              <div>; Pressure coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
                Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>
                Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = semiisotropic<br>
                nstpcouple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br>
                ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and
                reference P (bar)<br>
                tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>
                compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0&nbsp; 4.5e-5<br>
                ref-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0<br>
                ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM<br>
                refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>
                ; Random seed for Andersen thermostat<br>
                andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131</div>
              <div>&nbsp;</div>
              <div>So How to set up tau_p value, is 10 ps acceptable? My
                system cotain a CNT membrance in it.</div>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    Such values during equilibration are often different for those for
    production runs. You should not be using P-R during equilibration,
    as you will see in the relevant manual section.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>