<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV style="RIGHT: auto" id=yiv866058635>
<DIV style="RIGHT: auto">
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>Hi!</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>&nbsp;</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>I have a Palit 3GB GTX 580 GPU card to simulate about ~ 140 000 atoms.</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>However, after an mdrun-gpu&nbsp;simulation of 5000 timesteps (each time step = 0.002), the log file starts to show NaN in the energy values.</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>&nbsp;</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>How do I fix this?</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>&nbsp;</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>Regards,</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>Adam</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>&nbsp;</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>ps. The same system runs well in a conventional CPU-based mdrun. So I don't think its due to the system blowing up.</DIV>
<DIV style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 12pt" class=ms__id1046>pps. The GPU card reaches a temperature of ~ 88 degrees celsius after 5 minutes of simulation.&nbsp;Could this be the problem? However, I have another GPU card (MSI 1.5GB GTX 580) that&nbsp;works well with a smaller system&nbsp;(100 000 atoms)&nbsp;even <VAR id=yui-ie-cursor></VAR>at 85 degrees celsius.</DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></div></body></html>