Hi, all,<br><br>I have a question about change the temperature in 
simulation. When I change the ref_t and gen_temp only, (from 300 to 400)
 I cannot see any difference. I am thinking if I need to change tau_t 
also, since diffusivity constant is also related to temperature. Am I 
right?<br>
<br>Here is my mdp file:<br>title        = OPLS Lysozyme NVT equilibration 
<br>;define        = -DPOSRES    ; position restrain the protein
<br>; Run parameters
<br>integrator    = bd        ; leap-frog integrator
<br>nsteps        = 500000    ; 2 * 500000 = 1000 ps
<br>dt        = 0.002        ; 2 fs
<br>; Output control
<br>nstxout        = 100        ; save coordinates every 0.2 ps
<br>nstvout        = 100        ; save velocities every 0.2 ps
<br>nstenergy    = 100        ; save energies every 0.2 ps
<br>nstlog        = 100        ; update log file every 0.2 ps
<br>; Bond parameters
<br>continuation    = yes        ; first dynamics run
<br>constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints 
<br>constraints    = all-bonds    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
<br>lincs_iter    = 1        ; accuracy of LINCS
<br>lincs_order    = 4        ; also related to accuracy
<br>; Neighborsearching
<br>ns_type        = grid        ; search neighboring grid cells
<br>nstlist        = 5        ; 10 fs
<br>rlist        = 1.0        ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
<br>rcoulomb    = 1.0        ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
<br>rvdw        = 1.0        ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
<br>; Electrostatics
<br>coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
<br>pme_order    = 4        ; cubic interpolation
<br>fourierspacing    = 0.16        ; grid spacing for FFT
<br>; Temperature coupling is on
<br>tcoupl        = V-rescale    ; modified Berendsen thermostat
<br>tc-grps        = system    ; two coupling groups - more accurate
<br>tau_t        = 0.01        ; time constant, in ps
<br>ref_t        = 400         ; reference temperature, one for each group, in K
<br>; Pressure coupling is off
<br>pcoupl        = no         ; no pressure coupling in NVT
<br>; Periodic boundary conditions
<br>pbc        = xyz        ; 3-D PBC
<br>; Dispersion correction
<br>DispCorr    = EnerPres    ; account for cut-off vdW scheme
<br>; Velocity generation
<br>gen_vel        = yes        ; assign velocities from Maxwell distribution    changed
<br>gen_temp    = 400        ; temperature for Maxwell distribution
<br>gen_seed    = 100        ; generate a random seed
<br>ld_seed=-1
<br><br><br>Thank you!<br><br>Bo<br>