hello sir,<br><pre><font size="4">I performed simulation for 30ns, because of queue time limit my run terminated at 11.6ns..  <br><br>i thought of analysing my trajectory file.. so generated pdb file from trr using dump option..<br>
<br>when i visualize the pdb,i noted that my protein structure got fragmented..<br><br>when i visualize my npt and nvt structure ,its looking good.. but my md structure getting framented..<br><br>what is the possible reason for this fragmentation.<br>
<br>can anyone please help me with your answer..<br><br>also please give an idea how to eliminate this error..<br><br>Thanking you,<br><br></font></pre>