<div>Dear Users,</div><div><br></div><div>In the gromacs manual on means to convert the pdb file to gromacs topology file I need to use pdb2gmx. </div><div>Here I have to specify the force field .How to work with organic residues which do not exists . </div>
<div>Since I had used general amber force field, and could not find this in the /share/top/ directory . </div><div>Do I need to manually construct the .itp file for each residues. What will be the easiest way to construct</div>
<div>a solvated box with user defined residues in gromacs.</div><div><br></div><div>Thanks </div><div>Kirtana</div>