<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Maybe you can try "trjorder" to order the water molecules around your protein and make a group of those nearest water molecules and output them using trjconv</span></div><div><span>Jianguo<br></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Sanku M &lt;msanku65@yahoo.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tuesday, 28 February 2012, 7:49<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> [gmx-users] cutting a
 cylinder from simulation box<br> </font> </div> <br><div id="yiv1414208864"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"><div>Hi,</div><div>&nbsp; I have run a simulation of a fixed object in water using gromacs. Now, I want to analyze only water molecules which are present within a cylinder of certain radius (smaller than simulation box dimension in XY plane).</div><div>I wonder whether gromacs has any particular tool which can identify the particles within a cylindrical volume of a simulation box.</div><div>Thanks</div><div>Sanku</div></div></div></div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a
 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>