<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am trying to use option -p of mdrun for particle decomposition. </div>
<div>I used:</div>
<div> </div>
<div><span lang="EN">
<p>mpiexec mdrun -pd -deffnm nvt</p>
<p>I obtain:</p>
<p>apps/intel/ict/mpi/3.1.038/bin/mpdlib.py:37: DeprecationWarning: the md5 module is deprecated; use hashlib instead<br>  from  md5       import  new as md5new<br>NODEID=0 argc=4<br>                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br>
NODEID=2 argc=4<br>NODEID=6 argc=4<br>NODEID=1 argc=4<br>NODEID=5 argc=4<br>NODEID=11 argc=4<br>NODEID=3 argc=4<br>NODEID=7 argc=4<br>NODEID=8 argc=4<br>NODEID=9 argc=4<br>NODEID=10 argc=4<br>NODEID=4 argc=4<br></p>
<p>Reading file nvt500ps.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision)<br>starting mdrun &#39;Protein&#39;<br>1000000 steps,    500.0 ps.<br>/apps/intel/ict/mpi/3.1.038/bin/mpdlib.py:27: DeprecationWarning: The popen2 module is deprecated.  Use the subprocess module.<br>
  import sys, os, signal, popen2, socket, select, inspect<br>/apps/intel/ict/mpi/3.1.038/bin/mpdlib.py:37: DeprecationWarning: the md5 module is deprecated; use hashlib instead<br>  from  md5       import  new as md5new<br>
</p>
<p>Then trajectory files are empty<br>Can you please help?</p>
<p>Steven</p></span></div>