<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 29/02/2012 3:10 PM, priya thiyagarajan wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAEuVTxABjv8YFrqoW_+rXOVKJgM20AiTKyVUVFHoa17rnbAYdQ@mail.gmail.com"

      type="cite">hello sir,<br>

      <pre><font size="4">I performed simulation for 30ns, because of queue time limit my run terminated at 11.6ns..  

i thought of analysing my trajectory file.. so generated pdb file from trr using dump option..

when i visualize the pdb,i noted that my protein structure got fragmented..

when i visualize my npt and nvt structure ,its looking good.. but my md structure getting framented..

what is the possible reason for this fragmentation.</font>

</pre>

    </blockquote>

    <font size="4"><br>

      See </font><a

href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a>

    for likely explanation and solution.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>