<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><SPAN>On 29/02/12, <B class=name>"bo.shuang" </B>&lt;bs16@rice.edu&gt; wrote:</SPAN>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:CA+4uorPDNpK93gQ8tbNKLr13SszRs_OfVu+pxD+cEXcb71GRVg@mail.gmail.com type="cite">Hi, all,<br /><br />I have a question about change the temperature in simulation. When I change the ref_t and gen_temp only, (from 300 to 400) I cannot see any difference. I am thinking if I need to change tau_t also, since diffusivity constant is also related to temperature. Am I right?<br /><br />Here is my mdp file:<br />title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = OPLS Lysozyme NVT equilibration&nbsp; <br />;define&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; position restrain the protein <br />; Run parameters <br />integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = bd&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; leap-frog integrator </BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>By their nature,&nbsp;Browning and stochastic dynamics do not work with temperature coupling algorithms. IIRC gen_temp + gen_vel should have an effect on the initial conditions.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Mark&nbsp;</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:CA+4uorPDNpK93gQ8tbNKLr13SszRs_OfVu+pxD+cEXcb71GRVg@mail.gmail.com type="cite">
<DIV class="mimepart text html"><br />nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 * 500000 = 1000 ps <br />dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 fs <br />; Output control <br />nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save coordinates every 0.2 ps <br />nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save velocities every 0.2 ps <br />nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save energies every 0.2 ps <br />nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; update log file every 0.2 ps <br />; Bond parameters <br />continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; first dynamics run <br />constraint_algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; holonomic constraints&nbsp; <br />constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained <br />lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; accuracy of LINCS <br />lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; also related to accuracy <br />; Neighborsearching <br />ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; search neighboring grid cells <br />nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 10 fs <br />rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range neighborlist cutoff (in nm) <br />rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range electrostatic cutoff (in nm) <br />rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range van der Waals cutoff (in nm) <br />; Electrostatics <br />coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics <br />pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; cubic interpolation <br />fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; grid spacing for FFT <br />; Temperature coupling is on <br />tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; modified Berendsen thermostat <br />tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = system&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; two coupling groups - more accurate <br />tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps <br />ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 400 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for each group, in K <br />; Pressure coupling is off <br />pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; no pressure coupling in NVT <br />; Periodic boundary conditions <br />pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 3-D PBC <br />; Dispersion correction <br />DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; account for cut-off vdW scheme <br />; Velocity generation <br />gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; assign velocities from Maxwell distribution&nbsp;&nbsp;&nbsp; changed <br />gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 400&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; temperature for Maxwell distribution <br />gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; generate a random seed <br />ld_seed=-1 <br /><br /><br />Thank you!<br /><br />Bo<br /></DIV></BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV>