<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am trying to run nvt simulation (equilibration) of the protein in implicit solvent. My mdp:</div>
<div> </div>
<div><span lang="EN">
<p>integrator = md ; leap-frog integrator</p>
<p>nsteps = 1000000 ; 0.0005 * 1000000 = 0.5 ns</p>
<p>dt = 0.0005 ; 0.5 fs</p>
<p>; Output control</p>
<p>nstxout = 10000</p>
<p>nstxtcout = 10000 ; xtc compressed trajectory output every 2 ps</p>
<p>nstenergy = 10000 ; save energies every 2 ps</p>
<p>nstlog = 10000 ; update log file every 2 ps</p>
<p>; Bond parameters</p>
<p>continuation = no</p>
<p>constraints = none </p>
<p>; Neighborsearching</p>
<p>ns_type = simple ; search neighboring grid cells</p>
<p>nstlist = 0 ; 10 fs</p>
<p>rlist = 0 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)</p>
<p>; Infinite box with no cutoffs</p>
<p>pbc = no </p>
<p>rcoulomb = 0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)</p>
<p>coulombtype = cut-off</p>
<p>vdwtype = cut-off</p>
<p>rvdw = 0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)</p>
<p>epsilon_rf = 0</p>
<p>comm_mode = angular ; remove angular and com motions</p>
<p>; implicit solvent</p>
<p>implicit_solvent = GBSA</p>
<p>gb_algorithm = OBC</p>
<p>gb_epsilon_solvent = 80.0</p>
<p>sa_surface_tension = 2.25936</p>
<p>rgbradii = 0</p>
<p>sa_algorithm = Ace-approximation</p>
<p>nstgbradii = 1</p>
<p>; Temperature coupling is on</p>
<p>Tcoupl = v-rescale</p>
<p>tau_t = 0.1</p>
<p>tc_grps = system</p>
<p>ref_t = 298</p>
<p>; Velocity generation</p>
<p>gen_vel = yes ; Velocity generation is on</p>
<p>gen_temp = 298.0</p>
<p>gen_seed = -1</p>
<p>Then after grompp I am trying to run the simulation on the cluster:</p><span lang="EN">
<p>mdrun -pd -deffnm nvt500ps</p>
<p>My log file:</p></span></span></div>
<div><span lang="EN">
<p>Back Off! I just backed up nvt500ps.log to ./#nvt500ps.log.1#</p>
<p>Reading file nvt500ps.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision)</p>
<p>Starting 8 threads</p>
<p>Back Off! I just backed up nvt500ps.trr to ./#nvt500ps.trr.1#</p>
<p>Back Off! I just backed up nvt500ps.xtc to ./#nvt500ps.xtc.1#</p>
<p>Back Off! I just backed up nvt500ps.edr to ./#nvt500ps.edr.1#</p>
<p>starting mdrun &#39;Protein&#39;</p>
<p>1000000 steps, 500.0 ps.</p>
<p>Segmentation fault</p>
<p> </p>
<p>Do you have any clue what is happening?</p>
<p>thank you</p>
<p>Steven</p></span></div>