<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">1 - Those two index groups refer to two different dihedrals within your topology, and the labeling of them will come from something about the dihedral, more
 than likely it is from the force constant.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">2 &#8211; if it starts asymmetric, then with time becomes symmetric, that may be an indicator of reaching some equilibrium.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Catch ya,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">3 &#8211; you will have to look at the type of dihedral it is and the potential function it creates, then check to see if the observed distribution is consistent
 with that.<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">, Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">&#43;61 3 9903 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a nail.</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org]
<b>On Behalf Of </b>Juliette N.<br>
<b>Sent:</b> Friday, 2 March 2012 12:42 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] dihedral distributions<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi all,<br>
<br>
I used the following line to obtain index file of RB dihedral quadrupltes:<br>
<br>
mk_angndx -s *.tpr -n *-RB -type ryckaert-bellemans<br>
<br>
The resulting index file contains two groups<br>
<br>
[ RB-A1=1.88 ]<br>
<br>
[ RB-A1=-1.46 ]<br>
<br>
1- Can anyone tell me please what these groups refer to? I am not able to find the answer in the manual.
<br>
<br>
Then using g_angle -of&nbsp; option&nbsp; I compute dihedral fractions separately for each group. (figures attached)<br>
<br>
g_angle -f *.trr&nbsp;&nbsp;&nbsp; -n *-RB.ndx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -of&nbsp;&nbsp;&nbsp; *_md-of-1.88&nbsp;&nbsp; -b <br>
<br>
2- The first peak of the first plot is not symmetrical as others although I collected data in the last 1 ns of a 20 ns simulation. does this mean the polymer chain has not equilibrated? this behavior is observed in the first few nanoseconds too.
<br>
<br>
3- I dont see why there are 3 peaks in the first group and 2 peaks in the [ RB-A1=-1.46 ] one?
<br>
<br>
<br>
Appreciate greatly your help, <br>
Regards,<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 1 March 2012 02:21, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On 1/03/2012 5:07 PM, Juliette N. wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi all,<br>
<br>
Can anyone guide me how one can obtain dihedral distributions of a polymer chain and how this can be used to ensure the equilibration of system?<br>
g_angle takes a list of dihedrals and provides the dihedral distribution of a given dihedral in the time interval -b to -e ?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal">Have a read of g_angle -h and try things out. You'll need to look in the literature for info on the kind of information you're looking for.<br>
<br>
Mark<br>
<span style="color:#888888">-- </span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>