<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear gmx users,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; It seems that I have found a strange temperature value after NVT equilibrium for 200 ps. I simulate a CNT with two graphite sheets in water box. I do not want to them to deform or change their shaps, So I use a very large position restraint (1*10^6) to keep their shaps. The temperature was set to 300 K, but after NVT equilibrium, the tempertaure was 330K.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>.mdp content</DIV>
<DIV>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES_CNTGATE -DPOSRES_K -DPOSRES_CL</DIV>
<DIV>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>; Temperature coupling&nbsp; <BR>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = v-rescale<BR>nsttcouple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<BR>nh-chain-length&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Groups to couple separately<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Other Water_and_ions<BR>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<BR>tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<BR>ref-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 300</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>results</DIV>
<DIV>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp; Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 331.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.3739&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.0042&nbsp; (K)<BR>T-Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 436.927&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.4112&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.2519&nbsp; (K)<BR>T-Water_and_ions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 303.349&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.07417&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 1.02328&nbsp; (K)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>the Other, that is CNT and two graphite sheets temperature is very high!!!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Howerver when I freeze them, the temperture is OK</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = K CL Other<BR>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y Y Y Y Y Y Y</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>the results is</DIV>
<DIV><BR>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp; Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299.998&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0034&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.84173 -0.0066645&nbsp; (K)<BR>T-Other&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; (K)<BR>T-Water_and_ions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 299.998&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0034&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.84173 -0.0066645&nbsp; (K)</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>So I should freeze them or use a small postion restraint to constaint them, in order to get the correct temperture?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Zhongjin He</DIV></td></tr></table>