<div>Hi Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am simulationg parts of the big protein so in this case imitating non charged terminals. For this purpose I use option:</div>
<div>pdb2gmx -f Protein.pdb -ter</div>
<div> </div>
<div>Which option would be suitable and safe to imitate it:</div>
<div>a) NH2 and COOH</div>
<div>b) None</div>
<div> </div>
<div>Thank you!</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>