Hi,<br><br>I have a pdb file containing only one ligand. There is already .gro and .itp files of this ligand at Automated Topology Builder (ATB).<br>I want to use the gro and .itp files of this ligand from ATB. <span lang="en"><span>The ligand</span> <span>coordinates</span> <span>in my</span> <span>pdb file</span></span> is different than at ATB. i.e. ATB have used another coordinates when it obtains .gro and .itp files.<br>
<br>can I use these files obtained from ATB? If ok, doesn&#39;t the location/position of the ligand change in the enzyme?<br><br>Greetings<br>
-- <br>Ahmet Yıldırım<br><br>