Dear Gromacs users,<br><br>Below is part of my mdp file for a membrane protein simulation with CHARMM36. May I know what is the recommended value for rlist? I have gone through Klauda&#39;s paper and some threads in the user list, particularly <a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg34582.html">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg34582.html</a> but could not determine a good rlist value. Grompp and the manual noted that rlist should be larger than rvdw for switch/shift function by 0.1-0.3nm to account for size of charge group and diffusion between neighbour list updates. What is the effect of ignoring this note and will this result in incorrect energy values?<br>
<br>; Neighborsearching parameters<br>ns_type   = grid                    ; search neighboring grid cels<br>rlist         = 1.2                       ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb = 1.2                       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>
rvdw       = 1.2                       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>rlistlong  = 1.4                       ; long-range neighbourlist cutoff (in nm)<br><br>; Van der Waals (LJ)<br>vdwtype          = switch    ; switch potential for LJ terms<br>
rvdw_switch    = 0.8        ; start switching LJ potential<br><br>; Electrostatics<br>coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>pme_order       = 4              ; cubic interpolation<br>
fourierspacing  = 0.16        ; grid spacing for FFT<br clear="all"><br>DispCorr    = no        ; account for cut-off vdW scheme, none as per C36 paper<br>-- <br>Regards,<br>Leong Siew Wen<br><br>“Making the simple complicated is commonplace; making the complicated simple, awesomely simple, that’s creativity.”<br>
 <b>- Charles Mingus-</b><br><br>