<p class="MsoNormal" style="text-align:justify;line-height:150%"><span style="font-size:12.0pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">Dear Justin</span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:justify;line-height:150%"><span style="font-size:12pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">Thanks for your reply.</span></p><p class="MsoNormal" style="text-align:justify;line-height:150%">
<span style="font-size:12.0pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"><br></span></p>

<p class="MsoNormal" style="text-align:justify;line-height:150%"><span style="font-size:12.0pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">I know, w</span><span style="font-size:12.0pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">ith g_select, I obtain index groups that tell me
which atoms satisfy the given criteria and with trjorder, the coordinates of
those atoms are reordered such that they are listed in sequence in the new
trajectory. But g_select gives an output file (size.xvg) and trjorder gives an
output file (nshell.xvg). Both of these output files contain number of atoms
satisfy the given criteria. In my case these number are not the same at the special frame. Why?</span><span style="font-size:12.0pt;line-height:150%;font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"></span></p>