Gromacs is able to load you AMBER trajectory so you don&#39;t need to perform any conversion<br><br><div class="gmail_quote">---------- Messaggio inoltrato ----------<br>Da: <b class="gmail_sendername">a a</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:patd_2@hotmail.com">patd_2@hotmail.com</a>&gt;</span><br>
Date: 08 marzo 2012 11:46<br>Oggetto: RE: [gmx-users] How to input multiple trr files?<br>A: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><br><br>


<div><div dir="ltr">
Dear Mark,<div><br></div><div>In fact, I was converting the AMBER trajectories to trr format by VMD.  However, my VMD is failed to load so large trajectories files.  </div><div><br></div><div>I guess I can convert several trr files into one trr file.  Is it possible to be done with GROMACS?  If yes, how can I do it?</div>
<div><br></div><div>Many thanks,</div><div><br></div><div>Catherine<br><br><div><div></div><hr>From: <a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Date: Thu, 8 Mar 2012 21:36:03 +1100<br>Subject: Re: [gmx-users] How to input multiple trr files?<div><div class="h5"><br><br><div><span>On 08/03/12, <b>a a </b>&lt;<a href="mailto:patd_2@hotmail.com" target="_blank">patd_2@hotmail.com</a>&gt; wrote:</span></div>
<blockquote style="border-left:#00f 1px solid;padding-left:13px;margin-left:0px">
<table>
<tbody>
<tr>
<td>

<br><div dir="ltr">
<div dir="ltr">Dear Gromacs experts,  
<div><br></div><div>I am trying to use the following command:   </div><div><br></div><div>g_covar -s file.pdb -f dynamic.trr -o -v</div><div><br></div><div>However, since my trr file is too large, I have to separately prepared it into dynamic1.trr dynamic2.trr, dynamic3.trr.</div>
<div><br></div><div>Would you mind to instruct how to input several trr files, how to modify the above command line?</div></div></div></td></tr></tbody></table></blockquote>
<div> </div><div>This is not possible. Input to all GROMACS tools must be in one file, with rare exceptions for algorithms that do the same thing on several files. Either you need a filesystem capable of dealing with the large file, or follow the advice here <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Reducing_Trajectory_Storage_Volume" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Reducing_Trajectory_Storage_Volume</a></div>
<div> </div><div>Mark </div>
<br></div></div>-- 
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div></div>                                               </div></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco<br>