<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 8/03/2012 12:19 AM, Kavosh Zandsalimi wrote:
    <blockquote cite="mid:WC20120307131901.430059@ibb.ut.ac.ir"
      type="cite">
      <div><font style="font-family:Arial;font-size:8pt;">
          <div>
            <div class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font:
              normal normal normal 10pt/normal Arial; text-align:
              justify; ">Dear GMX users;</div>
            <div class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font:
              normal normal normal 10pt/normal Arial; text-align:
              justify; ">&nbsp;</div>
            <div class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font:
              normal normal normal 10pt/normal Arial; text-align:
              justify; ">I hope you are well.</div>
            <div class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font:
              normal normal normal 10pt/normal Arial; text-align:
              justify; ">I want to simulate the interactions between DNA
              and Ag clusters. The problem is that Amber99 ff does not
              know silver atoms and residues.</div>
            <div class="MsoNormal" style="color: rgb(0, 0, 0); font:
              normal normal normal 10pt/normal Arial; text-align:
              justify; ">I have defined Ag and Au in atomtypes.atp and
              assigned Ag LJ parameters in ffnonbonded.itp.&nbsp;But I cannot
              find out how to define new residues.</div>
            <br>
          </div>
        </font></div>
    </blockquote>
    <br>
    <a
href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field</a><br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>