Dear Tsjerk and Mark<br><br>Thanks for your time and attention.  <br><br>using g_select -f *.xtc -s *.tpr -n index.ndx -oi -select &#39;&quot;Close to Protein&quot; resname SOL and within 0.25 of group
Protein&#39; solved my problem.<br><br>I want to use trjorder -f *.xtc -s *.tpr -n index.ndx -o ordered.pdb -nshell -r 0.25 -na 3 -da 1 to order water molecules according to the smallest distance to atoms in a reference group (protein).<br>
<br>Should the results of both of g_select and trjorder be the same?<br><br><br>Best regards.<br>