I forgot to mention that i am using OPLS-AA/L all-atom force field.<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 9, 2012 at 11:21 AM, pragna lakshmi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pragnapcu@gmail.com">pragnapcu@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Gromacs Users,<br>                I need to simulate a protein that has N-acetyl glucosamine (NAG). Since NAG residue is not present in residue topology file, first of all i added NAG parameters to aminoacids.rtp file. I am following this link <b><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field</a></b> <br>

<br>This is my aminoacids.rtp file for NAG.<br><br>[ NAG ] ; N-Acetylglucosamine<br><br>[ atoms ]<br>   C1    opls_195   +0.365    1 <br>  HC1    opls_196   +0.100    1<br>   O1    opls_187   -0.700    1<br>  HO1    opls_188   +0.435    1<br>

   C5    opls_183   +0.170    1<br>  HC5    opls_185   +0.030    1<br>   O5    opls_180   -0.400    1<br>   C2    opls_229   +0.140    2<br>  HC2    opls_140   +0.060    2<br>   N2    opls_238   -0.500    2<br>  N15    opls_238   -0.500    2<br>

  HN2    opls_241   +0.300    2<br>   C3    opls_158   +0.205    3<br>  HC3    opls_140   +0.060    3  <br>   O3    opls_154   -0.683    3<br>  O3H    opls_155   +0.418    3<br>  O2H    opls_155   +0.418    3<br>   C4    opls_158   +0.205    4<br>

  HC4    opls_140   +0.060    4  <br>   O4    opls_154   -0.683    4<br>   OM    opls_154   -0.683    4<br>  O4H    opls_155   +0.418    4<br>   C6    opls_157   +0.145    5<br>HC61    opls_140   +0.060    5<br>HC62    opls_140   +0.060    5<br>

   O6    opls_154   -0.683    5<br>  O6H    opls_155   +0.418    5<br>   C7    opls_235   +0.500    6<br>   O7    opls_236   -0.500    6<br>   C8    opls_135   -0.180    7<br>HC81    opls_140   +0.060    7<br>HC82    opls_140   +0.060    7<br>

HC83    opls_140   +0.060    7<br>  OR    opls_154   -0.683    5<br>  OW    opls_154   -0.683    5<br><br>[ bonds ]<br>   C1  HC1<br>   C1   O1<br>   C1   C2<br>   C1   O5<br>   O1  HO1<br>   C2  HC2<br>   C2   N2<br>   C2   C3<br>

   N2  HN2<br>   N2   C7<br>   C3  HC3<br>   C3   O3<br>   C3   C4<br>   O3  HO3<br>   C4  HC4<br>   C4   O4<br>   C4   C5<br>   O4  HO4<br>   C5  HC5<br>   C5   O5<br>   C5   C6<br>   C6 HC61<br>   C6 HC62<br>   C6   O6<br>

   O6  HO6<br>   C7   O7<br>   C7   C8<br>   C8 HC81<br>   C8 HC82<br>   C8 HC83<br><br>Now i have got this error.<br><br>Fatal error:<br>Atom O5 not found in residue <a href="http://seq.nr" target="_blank">seq.nr</a>. 1 while adding atom<br>

<br>If any body knows solution for this, can you please reply this. If any error is there in aminoacids.rtp file, please mention it. I will change it accordingly. Any suggestion is appreciable. <br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">T.Pragna Lakshmi,</span></div><div style="line-height:normal">
<span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">Junior Scientist,</span></div><div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">Vision Research Center,</span></span></div>
<div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">Sankara Netralaya,</span></div><div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">Chennai,</span></div>
<div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">India.</span></div><div style="line-height:normal"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;font-size:12pt">Pin: 600006.</span></div>
<div></div><br>