Hi Justin<br><br>According to the following you said that I should use genconf. Would you please help me to use it?<br><br>Would you please tell me instead of the following command:<br><br>genbox -ci H.gro -nmol 80000 -box 300 300 300 -p topol.top -o H-box.gro<br>
<br><br>Which command I should use including genconf and genbox as you said.<br><br>Thanks<br><br>Saly<br><b><br>&gt; Hi<br>
&gt;<br>
&gt; I think the error is not a reason of less memory of my computer. Because<br>
&gt; in a supercomputer I see the hollowing error too.<br>
&gt;<br><br>
genbox is not parallelized, and thus cannot make use of multiple processors and<br>
the memory on them.<br><br>
&gt; Genbox could be run if I choose the number of atoms less than 5000.<br>
&gt;<br><br>
The fact that you can add 5000 molecules but not 80000 suggests that<br>
insufficient memory is precisely the problem.  Gromacs is even telling you that<br>
in the fatal error below.<br><br>
Please refer to the solution I proposed earlier.  It is a more robust approach<br>
than what you&#39;re trying to do.<br><br>
-Justin</b>




<br>