
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 9/03/2012 4:56 PM, pragna lakshmi wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAD6uh5tDRgB132-5KvS9h_x+dQt6VSFmQzp1oVtL6nmm3XKSHg@mail.gmail.com"

      type="cite">I forgot to mention that i am using OPLS-AA/L all-atom

      force field.<br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Fri, Mar 9, 2012 at 11:21 AM, pragna

        lakshmi <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:pragnapcu@gmail.com">pragnapcu@gmail.com</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0

          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Gromacs

          Users,<br>

          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I need to simulate a protein that has N-acetyl

          glucosamine (NAG). Since NAG residue is not present in residue

          topology file, first of all i added NAG parameters to

          aminoacids.rtp file. I am following this link <b><a

              moz-do-not-send="true"

href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field"

              target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field</a></b>

          <br>

          <br>

          This is my aminoacids.rtp file for NAG.<br>

          <br>

          [ NAG ] ; N-Acetylglucosamine<br>

          <br>

          [ atoms ]<br>

          &nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_195&nbsp;&nbsp; +0.365&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

          &nbsp; HC1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_196&nbsp;&nbsp; +0.100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_187&nbsp;&nbsp; -0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp; HO1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_188&nbsp;&nbsp; +0.435&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_183&nbsp;&nbsp; +0.170&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp; HC5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_185&nbsp;&nbsp; +0.030&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp;&nbsp; O5&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_180&nbsp;&nbsp; -0.400&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

          &nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_229&nbsp;&nbsp; +0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

          &nbsp; HC2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

          &nbsp;&nbsp; N2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

          &nbsp; N15&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

          &nbsp; HN2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_241&nbsp;&nbsp; +0.300&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

          &nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_158&nbsp;&nbsp; +0.205&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

          &nbsp; HC3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

          &nbsp; O3H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_155&nbsp;&nbsp; +0.418&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

          &nbsp; O2H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_155&nbsp;&nbsp; +0.418&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

          &nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_158&nbsp;&nbsp; +0.205&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

          &nbsp; HC4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp; O4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

          &nbsp;&nbsp; OM&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

          &nbsp; O4H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_155&nbsp;&nbsp; +0.418&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

          &nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_157&nbsp;&nbsp; +0.145&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          HC61&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          HC62&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          &nbsp;&nbsp; O6&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          &nbsp; O6H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_155&nbsp;&nbsp; +0.418&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          &nbsp;&nbsp; C7&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp; +0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>

          &nbsp;&nbsp; O7&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>

          &nbsp;&nbsp; C8&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_135&nbsp;&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

          HC81&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

          HC82&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

          HC83&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp; +0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

          &nbsp; OR&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          &nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_154&nbsp;&nbsp; -0.683&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

          <br>

          [ bonds ]<br>

          &nbsp;&nbsp; C1&nbsp; HC1<br>

          &nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; O1<br>

          &nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; C2<br>

          &nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; O5<br>

          &nbsp;&nbsp; O1&nbsp; HO1<br>

          &nbsp;&nbsp; C2&nbsp; HC2<br>

          &nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; N2<br>

          &nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; C3<br>

          &nbsp;&nbsp; N2&nbsp; HN2<br>

          &nbsp;&nbsp; N2&nbsp;&nbsp; C7<br>

          &nbsp;&nbsp; C3&nbsp; HC3<br>

          &nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; O3<br>

          &nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C4<br>

          &nbsp;&nbsp; O3&nbsp; HO3<br>

          &nbsp;&nbsp; C4&nbsp; HC4<br>

          &nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp; O4<br>

          &nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp; C5<br>

          &nbsp;&nbsp; O4&nbsp; HO4<br>

          &nbsp;&nbsp; C5&nbsp; HC5<br>

          &nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp; O5<br>

          &nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp; C6<br>

          &nbsp;&nbsp; C6 HC61<br>

          &nbsp;&nbsp; C6 HC62<br>

          &nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; O6<br>

          &nbsp;&nbsp; O6&nbsp; HO6<br>

          &nbsp;&nbsp; C7&nbsp;&nbsp; O7<br>

          &nbsp;&nbsp; C7&nbsp;&nbsp; C8<br>

          &nbsp;&nbsp; C8 HC81<br>

          &nbsp;&nbsp; C8 HC82<br>

          &nbsp;&nbsp; C8 HC83<br>

          <br>

          Now i have got this error.<br>

          <br>

          Fatal error:<br>

          Atom O5 not found in residue <a moz-do-not-send="true"

            href="http://seq.nr" target="_blank">seq.nr</a>. 1 while

          adding atom<br>

        </blockquote>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    Your coordinate file doesn't match your .rtp entry regarding atom

    O5.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>