<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 9/03/2012 7:19 AM, bo.shuang wrote:
    <blockquote
cite="mid:CA+4uorP=Dxf4=RbB_bRZ8KQ-fc1b3Dn5ytkgpe3Mw0+wtawC_A@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi,<br>
      <br>
      Thank you for your answer. May I ask where I can find the right
      parameter in gbsa.itp for ions? These should be very basic things
      in simulation, but I cannot find their parameters anywhere. How do
      you guys use implicit solvent if you want to have ions inside?<br>
    </blockquote>
    <br>
    "Ions inside" is a bit vague for a description, but this kind of
    thing is often a problem. Seee <a
      href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization</a><br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CA+4uorP=Dxf4=RbB_bRZ8KQ-fc1b3Dn5ytkgpe3Mw0+wtawC_A@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      Thank you!<br>
      <br>
      Bo<br>
      <br>
      bo.shuang wrote:<br>
      &gt; For example, if I want to simulate how Membrane phospholipid
      bilayer<br>
      &gt; form its configuration in water, and want to use CG model and
      implicit<br>
      &gt; solvent, then I need the heads of these phospholipid
      molecules to be<br>
      &gt; hydrophilic and their tail to be hydrophobic. How can I
      specify<br>
      &gt; parameter of these particles to make them have these
      different<br>
      &gt; properties in implicit solvent?<br>
      &gt; It just an example. Hydrophobic also play important role in
      protein and<br>
      &gt; DNA folding. That's why I want to make hydrophobic work in
      implicit<br>
      &gt; solvent. Thank you very much for your help!<br>
      &gt;<br>
      <br>
      Hydrophobicity and hydrophilicity are functions of the nonbonded
      parameters<br>
      (charges and van der Waals parameters) of the individual atom
      types, which are<br>
      essential components of a force field. &nbsp;There's nothing extra you
      need to do<br>
      beyond defining these parameters (or using those that already
      exist).<br>
      <br>
      -Justin<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>