<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Hi Mark, iy says<font size="1"></div><div>"Program genbox, VERSION 4.0.5</div><div>
</div><div>Source code file: futil.c, line: 330</div><div>

</div><div>File input/output error:</div><div>
</div><div>fan1.top"</div><div>&nbsp;</div><div>And there is no&nbsp;indication early steps failure.</div><div>&nbsp;</div><div>Any suggestions?</div><div>&nbsp;</div><div>Dialing</div></font></span><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <div style="margin: 5px 0px; padding: 0px; border: 1px solid rgb(204, 204, 204); height: 0px; line-height: 0; font-size: 0px;" class="hr" contentEditable="false" readonly="true"></div>  <b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Friday, 9 March 2012 10:18 PM<br> <b><span style="font-weight:
 bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] -p topol.top input/output error<br> </font> </div> <br><meta content="off" http-equiv="x-dns-prefetch-control"><div id="yiv2145934300">
  

    
  
  <div>
    On 9/03/2012 10:52 PM, Dialing Pretty wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255);">
        <div><span><font face="Arial"><font size="3">Dear All,</font></font></span></div>
        <div><span></span>&nbsp;</div>
        <div><span><font face="Arial"><font size="3">When I use gromacs
                4.0.5 practice the on-line tutorial on lysozyme, for</font></font></span></div>
        <pre><font face="Arial"><font size="3">genbox -cp 1AKI_newbox.gro -cs spc216.gro -o 1AKI_solv.gro -p topol.top,</font></font></pre>
        <pre><font face="Arial"><font size="3">&nbsp;</font></font></pre>
        <pre><font face="Arial"><font size="3">the output says <font size="1"><div>File input/output error:</div><div>topol.top</div></font></font></font></pre>
        <pre><font face="Arial"><font size="3">Will you please give me some suggestions on how to solve the problem?</font></font></pre>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    This file should exist. It doesn't. Presumably some previous step
    failed.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </div>

</div><meta content="on" http-equiv="x-dns-prefetch-control"><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>