Hi all<br><br><br>In the following you can see the format of H-largebox.gro including my desired number of atoms, but when I apply the following grompp command with and with out maxwarn <br><br>I see the following error:<br>
-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.4<br>Source code file: grompp.c, line: 1370<br><br>Fatal error:<br>There was 1 error in input file(s)<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;Rat-tat-tat Ka boom boom&quot; (The Smashing Pumpkins)<br>
<br><br><br> genconf -f H.gro -nbox 10 100 100 -o H-largebox.gro<br>

&gt; grompp -f minim.mdp -c H-largebox.gro -p topol.top -o HMin.tpr -maxwarn 1<br><br><br><br>Great Red Owns Many ACres of Sand<br>60000<br>    1DRG    CAA    1   0.495  -0.175  -0.072  0.0000  0.0000  0.0000<br>    1DRG    CAB    2   0.483  -0.311  -0.143  0.0000  0.0000  0.0000<br>
    1DRG    CAC    3   0.388  -0.406  -0.069  0.0000  0.0000  0.0000<br>    1DRG    CAD    4   0.451  -0.463   0.058  0.0000  0.0000  0.0000<br>    1DRG    CAE    5   0.352  -0.557   0.127  0.0000  0.0000  0.0000<br>    1DRG    CAF    6   0.415  -0.613   0.255  0.0000  0.0000  0.0000<br>
    2DRG    CAA    7   0.495  -0.175  -0.072  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2DRG    CAB    8   0.483  -0.311  -0.143  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2DRG    CAC    9   0.388  -0.406  -0.069  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2DRG    CAD   10   0.451  -0.463   0.058  0.0000  0.0000  0.0000<br>
    2DRG    CAE   11   0.352  -0.557   0.127  0.0000  0.0000  0.0000<br>    2DRG    CAF   12   0.415  -0.613   0.255  0.0000  0.0000  0.0000<br>    3DRG    CAA   13   0.495  -0.175  -0.072  0.0000  0.0000  0.0000<br>    3DRG    CAB   14   0.483  -0.311  -0.143  0.0000  0.0000  0.0000<br>
<br><br>Thanks <br><br>Nahid<br><br>