<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Dear All,</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>For the fftw3 I use the following configuration:</span></div><div><span>./configure --disable-threads --enable-float --enable-sse </span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>For the gromacs I use the following configuration:</span></div><div><span>./configure --disable-threads</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>But in the gromacs I get the following new error message.</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>I am looking forward to getting your reply on how to solve the problem.</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>Cheers,</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>Wholly</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>/bin/sh ../../../libtool --tag=CC&nbsp;&nbsp;&nbsp; --mode=compile cc
 -DHAVE_CONFIG_H -I. -I../../../src -I/usr/include/libxml2&nbsp; -I../../../include&nbsp;&nbsp; -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused -msse2 -funroll-all-loops -std=gnu99 -fexcess-precision=fast -MT slasd3.lo -MD -MP -MF .deps/slasd3.Tpo -c -o slasd3.lo slasd3.c<br>make[4]: execvp: /bin/sh: Bad address<br>../../../libtool: fork: retry: Resource temporarily unavailable<br>../../../libtool: fork: retry: Resource temporarily unavailable<br>../../../libtool: fork: retry: Resource temporarily unavailable<br>../../../libtool: fork: retry: Resource temporarily unavailable<br>../../../libtool: fork: Resource temporarily unavailable<br>Makefile:529: recipe for target `slasd3.lo' failed<br>make[4]: *** [slasd3.lo] Error 254<br>make[4]: Leaving directory `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src/gmxlib/gmx_lapack'<br>Makefile:599: recipe for target `all-recursive' failed<br>make[3]: *** [all-recursive] Error 1<br>make[3]: Leaving
 directory `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src/gmxlib'<br>Makefile:302: recipe for target `all-recursive' failed<br>make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>make[2]: Leaving directory `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>Makefile:238: recipe for target `all' failed<br>make[1]: *** [all] Error 2<br>make[1]: Leaving directory `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>Makefile:347: recipe for target `all-recursive' failed<br>make: *** [all-recursive] Error 1<br><var id="yui-ie-cursor"></var></span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span></span>&nbsp;</div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> ----- Forwarded Message
 -----<br>  <b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Monday, 12 March 2012 1:21 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] gromacs 4.5.5 cygwin installation error message<br> </font> </div> <br>On 12/03/2012 1:18 PM, Peter C. Lai wrote:<br>&gt; Oops I just saw this. Yeah it could be --enable-shared is broken on this<br>&gt; for cygwin, since the build is breaking during linking.<br><br>Yes, that is possible.<br><br>&gt; In an unrelated note, is running gromacs in cygwin supposed to be faster<br>&gt; than running it in a unix/linux virtual machine with paravirt I/O?<br><br>I'm not aware that anyone's compared them.<br><br>Mark<br><br>&gt;<br>&gt; On 2012-03-12 11:21:26AM +1100, Mark Abraham
 wrote:<br>&gt;&gt; On 12/03/2012 8:14 AM, Wholly Peach wrote:<br>&gt;&gt;&gt; Dear All,<br>&gt;&gt;&gt; For fftw, I use the following configure,<br>&gt;&gt;&gt; ./configure --enable-threads --enable-float --enable-sse<br>&gt;&gt;&gt; --prefix=/home/ABC/fftw<br>&gt;&gt; If /home/ABC exists, and you then did "make" and "make install" and they<br>&gt;&gt; both succeeded then you will be able to see that /home/ABC/fftw exists<br>&gt;&gt; and has stuff in it. You will have built non-shared libraries however.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; For gromacs, I use the following configure,<br>&gt;&gt;&gt; ./configure --with-fft=fftw3 --disable-threads<br>&gt;&gt;&gt; --prefix=/home/ABC/GROMACS --enable-shared<br>&gt;&gt;&gt; LDFLAGS='-L/home/ABC/fftw/lib' CPPFLAGS='-I/home/ABC/fftw/include'<br>&gt;&gt; If the FFTW installation worked, then this should work. Possibly you<br>&gt;&gt; will need to choose --enable-shared for both, or --disable-shared for<br>&gt;&gt; both -
 I'm not sure.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Mark<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; But in the make step of gromacs, I still got a series of error message.<br>&gt;&gt;&gt; I am looking forward to getting some suggesrions to solve it.<br>&gt;&gt;&gt; Cheers,<br>&gt;&gt;&gt; Wholly<br>&gt;&gt;&gt; .......<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2489): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x249f): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x24b5): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x24cb): more undefined<br>&gt;&gt;&gt; references to `_fftwf_destroy_plan' follow<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2506): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt;
 .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2512): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x251e): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x25ce): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x268e): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2755): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_c2r'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2770): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_r2c'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2825): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_c2r'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2840):
 undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_r2c'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x28ee): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x29b5): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_c2r'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x29d0): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_r2c'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2a7e): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2b45): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_c2r'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2b60): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_execute_dft_r2c'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2b8a): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference
 to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2b9f): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bb5): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bcb): undefined<br>&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt; .......<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; ----- Forwarded Message -----<br>&gt;&gt;&gt; *From:* Mark Abraham&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" ymailto="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; *To:* Discussion list for GROMACS users&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; *Sent:* Sunday, 11 March 2012 6:26 PM<br>&gt;&gt;&gt; *Subject:* Re: Fw: [gmx-users] gromacs 4.5.5 cygwin installation
 error<br>&gt;&gt;&gt; message<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; On 11/03/2012 7:03 PM, Wholly Peach wrote:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Dear All,<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Fot the fftw3, I use the following configuration, and make install<br>&gt;&gt;&gt;&gt; success.<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ./configure --enable-threads --enable-float --enable-sse<br>&gt;&gt;&gt;&gt; --prefix=/home/joe/fftw<br>&gt;&gt;&gt; Possibly not successful, because /home/joe probably doesn't exist on<br>&gt;&gt;&gt; your system. It's an *example* - you should install somewhere that<br>&gt;&gt;&gt; makes sense on your system. So /home/YOURUSERNAMEHERE/fftw would make<br>&gt;&gt;&gt; some sense. However, on Cygwin you have write permission everywhere,<br>&gt;&gt;&gt; so you may as well not get involved with --prefix.<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; For the gromacs 4.5.5, I use the following configuration:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ./configure --with-fft=fftw3 --disable-threads
 -prefix=/home/joe/GROMACS<br>&gt;&gt;&gt; Above, you've installed FFTW to a non-standard location, and now you<br>&gt;&gt;&gt; haven't told GROMACS where to look for it. The normal installation<br>&gt;&gt;&gt; instructions tell you how to do this.<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Also, "-prefix" is wrong. Use "--prefix".<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Mark<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; But for the make step, I still got the following errors.<br>&gt;&gt;&gt;&gt; I am looking forward to getting a reply from you on how to solve it.<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Cheers,<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Wholly<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ....<br>&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bcb): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2be1): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;
 .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bf7): more undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; references to `_fftwf_destroy_plan' follow<br>&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2c37): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2d17): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:387: recipe for target `libmd.la' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[3]: *** [libmd.la] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt; `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src/mdlib'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:302: recipe for target `all-recursive' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt;
 `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:238: recipe for target `all' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[1]: *** [all] Error 2<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt; `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:347: recipe for target `all-recursive' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ----- Forwarded Message -----<br>&gt;&gt;&gt;&gt; *From:* Peter C. Lai&lt;<a href="mailto:pcl@uab.edu" ymailto="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&gt;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:pcl@uab.edu" ymailto="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; *To:* Wholly Peach&lt;<a href="mailto:whollypeach@yahoo.com" ymailto="mailto:whollypeach@yahoo.com">whollypeach@yahoo.com</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:whollypeach@yahoo.com"
 ymailto="mailto:whollypeach@yahoo.com">whollypeach@yahoo.com</a>&gt;; Discussion list for GROMACS users<br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; *Sent:* Sunday, 11 March 2012 11:54 AM<br>&gt;&gt;&gt;&gt; *Subject:* Re: [gmx-users] gromacs 4.5.5 cygwin installation error<br>&gt;&gt;&gt;&gt; message<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; I don't think fftw3 has that option, since disable-threads pertains to<br>&gt;&gt;&gt;&gt; mdrun parallelization (forces MPI-only, basically).<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; On 2012-03-10 05:50:19PM -0800, Wholly Peach wrote:<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Mark,<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; If for Gromacs I use disable --disable-threads, for fftw3 show
 I<br>&gt;&gt;&gt;&gt; also use --disable-threads?<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Wholley<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ________________________________<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp;  From: Mark Abraham&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" ymailto="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" ymailto="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; To: Discussion list for GROMACS users&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Sent: Sunday, 11 March 2012 11:43 AM<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] gromacs 4.5.5 cygwin installation
 error<br>&gt;&gt;&gt;&gt; message<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 11/03/2012 12:20 PM, Peter C. Lai wrote:<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Is fftw3 properly installed in /usr/local/lib?<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; And of the right precision, like reading the installation guides<br>&gt;&gt;&gt;&gt; will warn you...<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Mark<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 2012-03-10 03:51:12PM -0800, Wholly Peach wrote:<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; Dear All,<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; For Gromacs installation, my configure command is:<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; ./configure --enable-shared LDFLAGS='-L/usr/local/lib'<br>&gt;&gt;&gt;&gt; --disable-threads.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; After make, the error message is as following.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I am looking forward to getting a reply from you on how to avoid<br>&gt;&gt;&gt;&gt; the error
 message.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Wholly<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; .....<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bb5): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bcb): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2be1): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_destroy_plan'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bf7): more<br>&gt;&gt;&gt;&gt; undefined references to `_fftwf_destroy_plan' follow<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2c37): undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2d17):
 undefined<br>&gt;&gt;&gt;&gt; reference to `_fftwf_free'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:387: recipe for target `libmd.la' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[3]: *** [libmd.la] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt; `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src/mdlib'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:302: recipe for target `all-recursive' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt; `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:238: recipe for target `all' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[1]: *** [all] Error 2<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt;&gt;
 `/cygdrive/d/GROMACSNEW/GROMACS455/gromacs-4.5.5/src'<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Makefile:347: recipe for target `all-recursive' failed<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; -- gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please don't post
 (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; -- gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt;&gt;&gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list <a
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
 ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; -- <br>&gt;&gt;&gt;&gt; ==================================================================<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Peter C. Lai&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | University of Alabama-Birmingham<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Programmer/Analyst&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | KAUL 752A<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Genetics, Div. of Research&nbsp; &nbsp; | 705 South 20th Street<br>&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:pcl@uab.edu" ymailto="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&lt;mailto:<a href="mailto:pcl@uab.edu" ymailto="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  | Birmingham AL 35294-4461<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (205) 690-0808&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; |<br>&gt;&gt;&gt;&gt; ==================================================================<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; -- <br>&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
 the<br>&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt; -- <br>&gt;&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;<br><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before
 posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>