Dear Gromacs users!<br><br><br>I want to perform constrained MD simulation of my protein with inclusion of some experimental restraints.<br><br><br>1) I found that genrest cpmmand could be usefull for the generation of the distance restrictions wich I could use in my constrined simulation.<br>
<br>Also in manual I&#39;ve found that command like<br><br>genrestr -f b2ar.gro -disre -index.ndx -o test.itp<br><br>will produce some distance restricted matrix of the whole groups presented in the index.ndx file.<br><br>
So how I could select to contrain selected residues within selected distance by means the index file?  E.g I&#39;ve manually point out 2 residues in index.ndx. I waant to preserve between that residues some desired distance D wich I&#39;ve obtaine from the experimental data. How I could do it via genrestr and waht addition flags should I use for that purpose ?<br>
<br><br>2) Is there any way to apply gradually the desired dist.resrs during MDrun to prevent some artifacts in my system wich would occur due to the rapid application of the dis.res ( e.g in cases where the conformation of the started structure and that wich I&#39;d obtained fter application of the restrains are slightly different)? <br>
<br>Thanks for help,<br><br><br>James<br>