<br><br>
<div class="gmail_quote">On Sun, Mar 11, 2012 at 10:13 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">
<div class="im"><br><br>Steven Neumann wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">Hi Justin,<br> As you advised I reduced number of my windows and I obtined histogram:<br> <a href="http://speedy.sh/2b9dT/histo.JPG" target="_blank">http://speedy.sh/2b9dT/histo.<u></u>JPG</a><br>
 Which looks really good.<br>The corresponding profile:<br> <a href="http://speedy.sh/y8Ssz/profile.JPG" target="_blank">http://speedy.sh/y8Ssz/<u></u>profile.JPG</a><br> I do not understand it. Does my deltaG of binding correspond to everything above 0 kcal/mol which is 6 kcal/mol?<br>
 <br></blockquote><br></div>DeltaG = the free energy difference between the final and initial states.  So that&#39;s up to you to decide.  Your curve is rather rough and the energy minimum potentially still ill-defined.  The histograms indicate that the sampling overlap is likely fine, you just may need a bit more sampling in each window to smooth things out.  Also make use of the error estimates that g_wham can provide; they can be quite informative (and necessary).<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>-Justin</font></span> 
<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br><br></div></div></blockquote>
<div> </div>
<div>Thank you Justin. In each window I run the simulation of 10 ns. Do you think that making it 20 ns will make the profile more smooth?</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>
<div> </div>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">
<div class="HOEnZb">
<div class="h5">-- <br>==============================<u></u>==========<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>==============================<u></u>==========<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br></div></div></blockquote></div><br>