Hi, <br><br>so further to my last email, I have run a quick test on my desktop machine (4 cores, 12Gb RAM). It seems that when running the parrinello-rahman barostat with domain decomposition (-dd 2 2 1) that I&#39;m still getting memory leak (this time with GNU compilers). I followed proper equilibration with the berendsen barostat (although I didn&#39;t think this was the problem) and also added the &quot;constraints = all-bonds&quot; line, but this has made no difference to my results (I&#39;m using &quot;[ constraints ]&quot; in my topology file).<br>
<br>To give an idea of the rate of memory loss, initial memory consumption was 0.1% total memory per process, which rose steadily to 0.5% total memory after 5 minutes. After 17mins, memory consumption is 1.7% total memory and rising. Running with &quot;-pd&quot;, memory usage is constant at 0.1% total memory.<br>
<br>The system is 328 TIP4P/ice + 64 all-atomic methane. This problem has occurred for me on different architectures and with different compilers (and different system sizes). It would be good if anybody familiar with the source could take a look, or if anybody knows any compiler flags that would prevent memory leak.<br>
<br>Thanks,<br>Steve<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On 9 March 2012 13:32, Stephen Cox <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:stephen.cox.10@ucl.ac.uk">stephen.cox.10@ucl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 9 March 2012 13:03, <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: GROMACS stalls for NPT simulation when using -npme    and<br>
      -dd flags (Mark Abraham)<br>
   2. Error Message in Make clean command for installation. (a a)<br>
   3. Re: Error Message in Make clean command for installation.<br>
      (Mark Abraham)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 09 Mar 2012 23:42:33 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] GROMACS stalls for NPT simulation when using<br>
        -npme   and     -dd flags<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4F59FAB9.6010805@anu.edu.au" target="_blank">4F59FAB9.6010805@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 9/03/2012 9:43 PM, Stephen Cox wrote:<br>
&gt; Dear users,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m trying to run an isotropic NPT simulation on a cubic cell<br>
&gt; containing TIP4P/ice water and methane. I&#39;m using the<br>
&gt; Parrinello-Rahman barostat. I&#39;ve been playing around with the<br>
&gt; different decomposition flags of mdrun to get better performance and<br>
&gt; scaling and have found that the standard -npme (half number of cores)<br>
&gt; works pretty well. I&#39;ve also tried using the -dd flags, and I appear<br>
&gt; to get decent performance and scaling. However, after a few<br>
&gt; nanoseconds (corresponding to about 3 hours run time), the program<br>
&gt; just stalls; no output and no error messages. I realise NPT may cause<br>
&gt; domain decompositon some issues if the cell vectors vary wildly, but<br>
&gt; this isn&#39;t happening in my system.<br>
&gt;<br>
&gt; Has anybody else experienced issues with domain decomposition and NPT<br>
&gt; simulations? If so, are there any workarounds? For the moment, I&#39;ve<br>
&gt; had to resort to using -pd, which is giving relatively poor<br>
&gt; performance and scaling, but at least it isn&#39;t dying!<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m using GROMACS 4.5.5 with an intel compiler (I followed the<br>
&gt; instructions online, with static linking) and using the command:<br>
&gt;<br>
&gt; #!/bin/bash -f<br>
&gt; # ---------------------------<br>
&gt; #$ -V<br>
&gt; #$ -N test<br>
&gt; #$ -S /bin/bash<br>
&gt; #$ -cwd<br>
&gt; #$ -l vf=2G<br>
&gt; #$ -pe ib-ompi 32<br>
&gt; #$ -q infiniband.q<br>
&gt;<br>
&gt; mpirun mdrun_mpi -cpnum -cpt 60 -npme 16 -dd 4 2 2<br>
&gt;<br>
&gt; Below is my grompp.mdp.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Steve<br>
&gt;<br>
&gt; P.S. I think that there may be an issue with memory leak that occurs<br>
&gt; for domain decomposition with NPT. I seem to remember seeing this<br>
&gt; happening on my desktop and my local cluster. I don&#39;t see this with<br>
&gt; NVT simulations. This would be consistent with the lack of error<br>
&gt; message: I&#39;ve just run a short test run and the memory usage was<br>
&gt; climbing streadily.<br>
&gt;<br>
&gt; ; run control<br>
&gt; integrator = md<br>
&gt; dt         = 0.002<br>
&gt; nsteps     = -1<br>
&gt; comm_mode  = linear<br>
&gt; nstcomm    = 10<br>
&gt;<br>
&gt; ; energy minimization<br>
&gt; emtol  = 0.01<br>
&gt; emstep = 0.01<br>
&gt;<br>
&gt; ; output control<br>
&gt; nstxout       = 0<br>
&gt; nstvout       = 0<br>
&gt; nstfout       = 0<br>
&gt; nstlog        = 0<br>
&gt; nstcalcenergy = 2500<br>
&gt; nstenergy     = 2500<br>
&gt; nstxtcout     = 2500<br>
&gt;<br>
&gt; ; neighbour searching<br>
&gt; nstlist            = 1<br>
&gt; ns_type            = grid<br>
&gt; pbc                = xyz<br>
&gt; periodic_molecules = no<br>
&gt; rlist              = 0.90<br>
&gt;<br>
&gt; ; electrostatics<br>
&gt; coulombtype = pme<br>
&gt; rcoulomb    = 0.90<br>
&gt;<br>
&gt; ; vdw<br>
&gt; vdwtype  = cut-off<br>
&gt; rvdw     = 0.90<br>
&gt; dispcorr = ener<br>
&gt;<br>
&gt; ; ewald<br>
&gt; fourierspacing = 0.1<br>
&gt; pme_order      = 4<br>
&gt; ewald_geometry = 3d<br>
&gt; optimize_fft   = yes<br>
&gt;<br>
&gt; ; temperature coupling<br>
&gt; tcoupl          = nose-hoover<br>
&gt; nh-chain-length = 10<br>
&gt; tau_t           = 2.0<br>
&gt; ref_t           = 255.0<br>
&gt; tc_grps         = system<br>
&gt;<br>
&gt; ; pressure coupling<br>
&gt; pcoupl          = parrinello-rahman<br>
&gt; pcoupltype      = isotropic<br>
&gt; ref_p        = 400.0<br>
&gt; tau_p           = 2.0<br>
&gt; compressibility = 6.5e-5<br>
&gt;<br>
&gt; ; constraints<br>
&gt; constraint_algorithm = shake<br>
&gt; shake_tol            = 0.0001<br>
&gt; lincs_order          = 8<br>
&gt; lincs_iter           = 2<br>
&gt;<br>
&gt; ; velocity generation<br>
&gt; gen_vel  = yes<br>
&gt; gen_temp = 255.0<br>
&gt; gen_seed = -1<br>
<br>
You&#39;re generating velocities and immediately using a barostat that is<br>
unsuitable for equilibration. </blockquote></div></div><div><br>Sorry, this is unclear: the system has already been equilibrated using NVT then berendsen before using the parrinello-rahman barostat. I use the generate velocities options to give me uncorrelated trajectories (I&#39;m investigating a stochastic process and want statistics). I appreciate the concerns about poor equilibration, but I&#39;m pretty sure this isn&#39;t the case - in my experience, poor equilibration usually results in a fairly prompt crash, with a lot of error messages and step.pdb files. Furthermore, the cell volume seems stable over the time that I manage to simulate, suggesting equilibration is OK. <br>

 </div><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">You&#39;re using an integration step that<br>
requires constraints=all-bonds but I don&#39;t see that. </blockquote></div><div><br>Could you clarify this point for me please? Thanks.<br> </div><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

You may have better<br>
stability if you equilibrate with Berendsen barostat and then switch.<br>
I&#39;ve seen no other reports of memory usage growing without bounds, but<br>
if you can observe it happening after choosing a better integration<br>
regime then it suggests a code problem that wants fixing.<br></blockquote></div><div><br>I can run some tests on my desktop with a smaller system and report if I see memory loss.<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">


<br>
Mark<br>
<br>
<br></blockquote><div><br>Thanks for your quick response<br> </div><div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 9 Mar 2012 20:58:27 +0800<br>
From: a a &lt;<a href="mailto:patd_2@hotmail.com" target="_blank">patd_2@hotmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Error Message in Make clean command for<br>
        installation.<br>
To: &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;COL118-W55ECB6D09526F932DD0EF4A3540@phx.gbl&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;big5&quot;<br>
<br>
<br>
<br>
Hi Mark,<br>
I did find the directory &quot;gromacs-4.5.5&quot;<br>
However, when I go into this folder, I have problem to do the &quot;make&quot; command.  I found there is no &quot;Make&quot; file inside the folder.  I can only see the following files inside this folder.  Should I do &quot;make clean&quot; then?<br>


acinclude.m4    config        Doxyfile.in       log          shareaclocal.m4      config.log    include           Makefile.am  srcadmin           configure     INSTALL.automake  Makefile.in  testsAUTHORS         <a href="http://configure.ac" target="_blank">configure.ac</a>  INSTALL.cmake     mancmake           COPYING       INSTALL-GPU       READMECMakeLists.txt  COPYING-GPU   libtool           scripts<br>


Should I do Makefile.am or Makefile.in intead?<br>
Best regards,<br>
Catherine<br>
<br>
Date: Fri, 9 Mar 2012 23:22:51 +1100<br>
From: <a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: Re: [gmx-users] Error Message when installing GROMACS.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
    On 9/03/2012 10:58 PM, a a wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
          Dear Sir/Madam,<br>
<br>
<br>
<br>
            I am trying to install the GROMACS to my new<br>
              workstation.  As my old one is not belong to me, I cannot<br>
              install VMD to it.  Please kindly help to instruct if I<br>
              did anything wrong here.  Many thanks.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
              Follow the steps in <a href="http://www.cems.uvm.edu/%7Esmanchu/gromacs_installation.html" target="_blank">http://www.cems.uvm.edu/~smanchu/gromacs_installation.html</a>, I have done the installation<br>
                  fftw-3.0.1 at my &quot;/Catherine/Gromacs/fftw-3.0.1&quot;<br>
                  directory.<br>
<br>
<br>
<br>
              Follow the steps in <a href="http://fertoledo.wordpress.com/2012/01/17/how-to-calculate-cosine-content-in-amber/" target="_blank">http://fertoledo.wordpress.com/2012/01/17/how-to-calculate-cosine-content-in-amber/</a>,<br>


                i.e. [wget<br>
                  <a href="ftp://ftp.gromacs" target="_blank">ftp://ftp.gromacs</a><br>
                  .org/pub/gromacs/gromacs-4.5.4.tar.gz], I have<br>
                  downloaded the gromacs to my Catherine/Gromacs/<br>
                  folder.<br>
<br>
<br>
<br>
              Follow the steps in <a href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions</a>, I have start installing the<br>
                  GROMACS.<br>
<br>
<br>
<br>
              &gt; tar  -xzvf<br>
                   gromacs-4.5.4.tar.gz<br>
<br>
              &gt; cd gromacs-4-5-4<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
    The instruction for this command is wrong, because this is not the<br>
    directory created by the previous command. Please inform the author<br>
    of the tutorial.<br>
<br>
<br>
<br>
    Mark<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
              &gt; make clean<br>
              &gt; ./configure<br>
                  --prefix=/usr/local/gromacs --program-suffix=&quot;&quot;<br>
              &gt;<br>
                  make<br>
              &gt; make install<br>
<br>
<br>
<br>
              However, when I do make<br>
                    clean, following error message appear.<br>
<br>
                make: *** No rule to make target `clean&#39;.  Stop.<br>
                When I continously doing the make after ./configure step, I found the following error message:<br>
                make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.<br>
                Could you please kindly instruct if I have done any things stupidly wrong?  Following is the log file for the configure.log, please kindly help.<br>
                Catherine<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120309/bb14cb3e/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120309/bb14cb3e/attachment-0001.html</a><br>


<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Sat, 10 Mar 2012 00:02:40 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Error Message in Make clean command for<br>
        installation.<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4F59FF70.2020002@anu.edu.au" target="_blank">4F59FF70.2020002@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
On 9/03/2012 11:58 PM, a a wrote:<br>
&gt; Hi Mark,<br>
&gt;<br>
&gt; I did find the directory &quot;gromacs-4.5.5&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; However, when I go into this folder, I have problem to do the &quot;make&quot;<br>
&gt; command.  I found there is no &quot;Make&quot; file inside the folder.  I can<br>
&gt; only see the following files inside this folder.  Should I do &quot;make<br>
&gt; clean&quot; then?<br>
&gt;<br>
&gt; acinclude.m4    config        Doxyfile.in       log          share<br>
&gt; aclocal.m4      config.log    include           Makefile.am  src<br>
&gt; admin           configure     INSTALL.automake  Makefile.in  tests<br>
&gt; AUTHORS         <a href="http://configure.ac" target="_blank">configure.ac</a>  INSTALL.cmake     man<br>
&gt; cmake           COPYING       INSTALL-GPU &amp; nbsp;     README<br>
&gt; CMakeLists.txt  COPYING-GPU   libtool           scripts<br>
&gt;<br>
&gt; Should I do Makefile.am or Makefile.in intead?<br>
<br>
&quot;make clean&quot; is also unnecessary, and won&#39;t work until you have done a<br>
configure stage. I suggest you take installation instructions from the<br>
GROMACS webpage, and pick up their tutorial once you have done a proper<br>
installation.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Best regards,<br>
&gt;<br>
&gt; Catherine<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>
&gt; Date: Fri, 9 Mar 2012 23:22:51 +1100<br>
&gt; From: <a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>
&gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; Subject: Re: [gmx-users] Error Message when installing GROMACS.<br>
&gt;<br>
&gt; On 9/03/2012 10:58 PM, a a wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;     Dear Sir/Madam,<br>
&gt;<br>
&gt;     I am trying to install the GROMACS to my new workstation.  As my<br>
&gt;     old one is not belong to me, I cannot install VMD to it.  Please<br>
&gt;     kindly help to instruct if I did anything wrong here.  Many thanks.<br>
&gt;<br>
&gt;     Follow the steps in<br>
&gt;     <a href="http://www.cems.uvm.edu/%7Esmanchu/gromacs_installation.html" target="_blank">http://www.cems.uvm.edu/~smanchu/gromacs_installation.html</a><br>
&gt;     &lt;<a href="http://www.cems.uvm.edu/%7Esmanchu/gromacs_installation.html" target="_blank">http://www.cems.uvm.edu/%7Esmanchu/gromacs_installation.html</a>&gt;, I<br>
&gt;     have done the installation fftw-3.0.1 at my<br>
&gt;     &quot;/Catherine/Gromacs/fftw-3.0.1&quot; directory.<br>
&gt;<br>
&gt;     Follow the steps in<br>
&gt;     <a href="http://fertoledo.wordpress.com/2012/01/17/how-to-calculate-cosine-content-in-amber/" target="_blank">http://fertoledo.wordpress.com/2012/01/17/how-to-calculate-cosine-content-in-amber/</a>,<br>
&gt;     i.e. [wget <a href="ftp://ftp.gromacs" target="_blank">ftp://ftp.gromacs</a><br>
&gt;     .org/pub/gromacs/gromacs-4.5.4.tar.gz], I have downloaded the<br>
&gt;     gromacs to my Catherine/Gromacs/ folder.<br>
&gt;<br>
&gt;     Follow the steps in<br>
&gt;     <a href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions</a>, I have<br>
&gt;     start installing the GROMACS.<br>
&gt;<br>
&gt;     &gt; tar  -xzvf  gromacs-4.5.4.tar.gz<br>
&gt;     &gt; cd gromacs-4-5-4<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The instruction for this command is wrong, because this is not the<br>
&gt; directory created by the previous command. Please inform the author of<br>
&gt; the tutorial.<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt;<br>
&gt;     &gt; make clean<br>
&gt;     &gt; ./configure --prefix=/usr/local/gromacs --program-suffix=&quot;&quot;<br>
&gt;     &gt; make<br>
&gt;     &gt; make install<br>
&gt;     *<br>
&gt;     *<br>
&gt;     However, when I do make clean, following error message appear.<br>
&gt;<br>
&gt;     make: *** No rule to make target `clean&#39;.  Stop.<br>
&gt;<br>
&gt;     When I continously doing the make after ./configure step, I found the following error message:<br>
&gt;<br>
&gt;     make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.<br>
&gt;<br>
&gt;     Could you please kindly instruct if I have done any things stupidly wrong?  Following is the log file for the configure.log, please kindly help.<br>
&gt;<br>
&gt;     Catherine<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     *<br>
&gt;     *<br>
&gt;<br>
&gt;     *<br>
&gt;     *<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; -- gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> Please search the<br>
&gt; archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before<br>
&gt; posting! Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>. Can&#39;t post?<br>
&gt; Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120310/10239bdb/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20120310/10239bdb/attachment.html</a><br>


<br>
------------------------------<br>
<span><font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 95, Issue 60<br>
*****************************************<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div><br>