Mark, Justin,<br><br>Thanks for advises. Indeed I think that simple text editor would be better sollution in my casw because of small number of restraints.<br><br>I just have a question about definition of the Distances<br>
<br>This is the default of the restraints between atom 10 and 16.<br><br><pre>[ distance_restraints ]
; ai aj type index type&rsquo; low up1 up2 fac
  10 16 1    0     1     0.0 0.3 0.4 1.0</pre>
<br><br>I&#39;d like to restrict distance between both of that atoms&nbsp;&nbsp; 7.96 &lt; r(Ca-Ca)&lt; 8.41<br><br>I&#39;ve found that the up1 is the 7.96 and up2 is the 8.41 but how I could specify &#39;low&#39; in the above table ? Should I obtain value for the initial Ca-Ca distance between my residues from the initial structure? How I could do it?<br>
<br><br>James<br><pre><br><br><br></pre><br><br><div class="gmail_quote">12 марта 2012&nbsp;г. 18:38 пользователь Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> написал:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Francesca,<br>
<br>
Yes I suppose this is good aproach for the generation of position restricktions on the desired atoms. But I want to restrain the distance between selected pairs of atoms ( e.g between C-alpha- C-alpha atoms of two different residues).<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
How many restraints do you need to create? &nbsp;If they are this simple, you can write them yourself using a text editor in conjunction with manual section 4.3.4. &nbsp;Using genrestr is only really helpful when you require a network of distance restraints between the atoms of a given group. &nbsp;If there are only a few to create, it&#39;s actually more work to use make_ndx and genrestr than it is to fire up your favorite text editor.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Also I want to restrain some dihedral angles in the desired rotameric forms.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
See manual section 4.3.3 and <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Dihedral_Restraints" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/How-tos/<u></u>Dihedral_Restraints</a>.<div class="im"><br>

<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
In literature I&#39;ve found that peple have dome the same things in Gromacs but I could not find detailed algorithm of such methodology :(<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
All relevant equations are provided in the manual, and examples are provided either there or on the Gromacs site. &nbsp;If you need further information, ask a specific question related to what you can&#39;t find or don&#39;t understand.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>