Thanks very much for your help!<br>                        best wishes!<br><br>At 2012-03-13 13:06:14,"Tsjerk&nbsp;Wassenaar"&nbsp;&lt;tsjerkw@gmail.com&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><p>Hi Xianwei Wang,</p>
<p>According to the information in your mail (the comments from the mdp file), it's just the other way around: phi is the amplitude and a is the phase.</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk<br>
</p>
<p></p><blockquote type="cite">On Mar 13, 2012 3:11 AM, "Xianwei Wang" &lt;<a href="mailto:wangxianwei1228@163.com">wangxianwei1228@163.com</a>&gt; wrote:<br><br><div style="line-height:1.7;font-size:14px;font-family:arial">
&nbsp;<i><i>Dear gmx users:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </i></i><i>I would like to apply electric field to my 
</i><i> simulation box.</i><i><i> I have already read the manual and I added this into mpd file as manual told:<br>; Electric fields&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </i></i><i><i>7.1e-10V/nm</i></i><br><i><i>; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real) =<br>
; and a phase angle (real) =<br>E_x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 7.1e-10 0<br>;E_xt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>;E_y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>;E_yt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>;E_z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>;E_zt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br><br>as I know, this line </i></i><i><i>E_x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 7.1e-10 0</i></i><i><i> would add&nbsp; </i></i>x direct
 ion <i><i>7.1e-10V/nm</i> electric field, but in the MD simulation log file the three number is&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; efield-x:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; a = 0.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phi = 7.100000e-10<br>&nbsp;&nbsp; efield-xt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>
&nbsp;&nbsp; efield-y:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-yt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-z:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>&nbsp;&nbsp; efield-zt:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<br>why </i><i> phi = 7.100000e-10 and a=0? Are a and phi the strength of the electric field and phase of the cosine?<br>
<br><br><br></i>
<pre><i><i><br></i></i></pre></div><br><br><span title="neteasefooter"><span></span></span><br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote>
</blockquote><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>