Hi everybody<br><br>I want to build a simulation box fill of water and some SDS molecules. To do this at first I fill the box with SDS molecules without their Na+ ions. Then I filled the simulation box with water molecules. After that, I want to replace some water molecules with Na+ ions. I ran the following commands:<br>
<br> genbox -ci SDS.pdb -nmol 10 -box 2 2 1.9  -p topol.top -o SDS-box.gro <br>genbox -cp SDS-box.gro -cs spc216.gro  -p topol.top -o SDSWater.gro<br>grompp -f ions.mdp -c SDSWater.gro -p topol.top -o ions.tpr<br><br>But to run the last command I receive the following error:<br>
<br>Fatal error:<br>There was 1 error in input file(s)<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
-------------------------------------------------------<br><br>&quot;I managed to get two hours of work done before work&quot; (E. Lindahl)<br><br>Would you please help me,<br><br>Thanks<br><br>Saly<br><br>