<div dir="ltr"><div>Dear user,</div><div> </div><div>When I am using:</div><div>genbox -cp confout.gro -cs water-1bar-303K.gro -vdwd 0.21 -o solvated.gro</div><div> </div><div>to add water in a coarse grained system, after running mdrun I am getting &quot;Syntax error&quot; and it shows maybe the distances are so close or there are some clashes.</div>
<div> </div><div>Do you know how can I figure it out?</div><div>Or actually if we have some clashes in system how we can correct them?</div><div> </div><div>Thanks,</div><div>Dariush Mohammadyani<br>Department of Structural 
Biology<br>University of Pittsburgh School of Medicine<br>Biomedical Science 
Tower 3<br>3501 Fifth Avenue<br>Pittsburgh, PA 15261<br>USA</div><br>
</div>