<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 14/03/2012 5:50 PM, James Starlight wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAALQopyRL1ezKhg0GXHTwyqBSJx2Av7C1B2j7RkdjC2YGs9S8g@mail.gmail.com"
      type="cite">Mark, thanks for explanation.<br>
      <br>
      So if I understood that graph correctly</blockquote>
    <br>
    You haven't. The potential is zero between r_0 and r_1. Both the
    equation and graph make this clear. The potential is non-zero
    outside this range. The force is the negative of the derivative of
    the potential with respect to the distance. So the force is also
    zero between r_0 and r_1. So if you want a distance to be restrained
    between 1 and 2 nm, set r_0=1 and r_1=2. That way the force is zero
    if the distance is satisfactory, and non-zero when it is not.<br>
    <br>
    I leave the choice of r_2 to you as an exercise :-) Having
    sufficient mathematical literacy to be able to interpret equation
    4.77 correctly is effectively a prerequisite for attempting
    molecular simulations.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAALQopyRL1ezKhg0GXHTwyqBSJx2Av7C1B2j7RkdjC2YGs9S8g@mail.gmail.com"
      type="cite"> I must define R1=1 and R2=2 values from my example
      1&lt;Rij&lt;2 to obtain quadratic restrain forces done in my
      distance range ( from 1 to 2 angstr). In other words this would
      restrains the i and j atom to the desired distance by the force
      wich would increased by the quadratic progresion upon distance
      will increased up to 2. Does it correct ?<br>
      <br>
      So the value R0 ( no forces= no restraints) must correspond to the
      values above and below my range. How the same range value for R0
      could be defined ?<br>
      <br>
      <br>
      JAmes<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">14 &#1084;&#1072;&#1088;&#1090;&#1072; 2012&nbsp;&#1075;. 3:42 &#1087;&#1086;&#1083;&#1100;&#1079;&#1086;&#1074;&#1072;&#1090;&#1077;&#1083;&#1100; Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        &#1085;&#1072;&#1087;&#1080;&#1089;&#1072;&#1083;:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
          <br>
          I can't think of a clearer way to explain the functional form
          of the distance restraint than the given equation with an
          example graph of it nearby. You have some distance range that
          you want to see happen based on some external information. You
          need to choose the distance constants for that functional form
          to reproduce that in a way that you judge will work, given
          your initial distance. The linear regime above r_2 is useful
          for not having forces that are massively large (from a
          quadratic potential) far from the region of zero potential.
          Whether this is important depends on your starting
          configuration.
          <div class="im">
            <br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <br>
              <br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
                .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
                I already answered this.<br>
                <a moz-do-not-send="true"
href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2012-March/069301.html"
                  target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2012-March/069301.html</a><br>
              </blockquote>
              I've found only theoretical explanation of such
              possibility (<br>
              gradually increasing force constant during simulation).
              But I<br>
              intresting in practical implementation. Could I do it in
              scope of<br>
              single MDrun by some options in mdm fle or should I do
              step-by-step<br>
              series of simulation with gradually changing forces
              appplied on the<br>
              disres in each MDrun?<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Only step by step. Something like simulated annealing is only
          available for temperature variation.<br>
          <br>
          Mark<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <br>
            <br>
            James<br>
          </blockquote>
          <div class="HOEnZb">
            <div class="h5">
              <br>
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>