Dear Tsjerk,<br />Thank you for your answer!<br />I dont like trouble, so, Ii will leave <font size="2">comm_grps =  System</font>...<br />But, could you spare some comments how to center it afterwards? I dont know why but the fullerene like to spend a lot of time in the boundary (i.e. divided in two, where it is difficult to see).<br />Best regards: R<br /><br /><span>On 15-03-12, <b class="name">Tsjerk Wassenaar </b> &lt;tsjerkw@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:CABzE1SirouUoqedMR8-gDL7_wJF+8R3EbVMH9ZPVVKcHksNCaA@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hey :)<br /><br />Why would you want to keep it constant? It's asking for trouble. The<br />fluctuations in a small part of the system like a fullerene molecule<br />can be pretty large. If you try to correct the VCM of that bit only,<br />you make it constantly bump into your solvent molecules. Especially if<br />you have nstcomm = 10 or so, the shift may be considerable, and you<br />may cause overlaps and crash your system. And that while it's so easy<br />to center on the fullerene afterwards!<br /><br />Cheers,<br /><br />Tsjerk<br /><br />On Thu, Mar 15, 2012 at 11:16 AM, R.Perez Garcia<br />&lt;r.perez.garcia@student.rug.nl&gt; wrote:<br />&gt;  Dear all,<br />&gt; I am running a simulation in of a fullerene in different solvents. I would<br />&gt; like to keep the fullerene somehow centred in the box, so I changed co<br />&gt; comm_grps =  System to mm_grps  =  FUL.<br />&gt; If I do this the following error pop up:<br />&gt;<br />&gt; There are:   395      Other residues<br />&gt; Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting<br />&gt; into groups...<br />&gt;<br />&gt; NOTE 1 [file short1.mdp]:<br />&gt;   4728 atoms are not part of any of the VCM groups<br />&gt;<br />&gt; WARNING 1 [file short1.mdp]:<br />&gt;   Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.<br />&gt;   This may lead to artifacts.<br />&gt;   In most cases one should use one group for the whole system.<br />&gt;<br />&gt; I am not sure if it is possible to tackle this....<br />&gt; Any suggestion would be welcomed.<br />&gt; Best regards: R<br />&gt; --<br />&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt; Please search the archive at<br />&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /><br /><br />-- <br />Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br /><br />post-doctoral researcher<br />Molecular Dynamics Group<br />* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br />* Zernike Institute for Advanced Materials<br />University of Groningen<br />The Netherlands<br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>