The similar files for wt can be assesed at<div> <a href="http://www.freefilehosting.net/umbrellawt">http://www.freefilehosting.net/umbrellawt</a> <br> I expected wild type binding energy to be less than mutant</div><div>The command used for g_wham is</div>
<div><div> g_wham_mpi_4.5.4  -it tpr-files.dat -if pullf-files.dat -o profile_mut.xvg -hist histo_mut.xvg -unit kCal -b 500 -nBootstrap 200 -bsres bsResult_mut.xvg -bsprof bsprofile_mut.xvg  -ac</div><div>I get the values exactly opposite to my expectation and unable to find out where I am wrong please suggest.</div>
<div>Shahid Nayeem</div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 15, 2012 at 3:31 PM, shahid nayeem <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:msnayeem@gmail.com">msnayeem@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I have added some new windows in mutant umbrella sampling which removes the sampling gap around 4 nm. Also I sampled more windows in the initial COM distance in the hope that I get energy minimum of profile well defined. I also did boot strapping for error estimates. The files can be assessed at<div>

<a href="http://www.freefilehosting.net/umbrellamut" target="_blank">http://www.freefilehosting.net/umbrellamut</a> </div><div><div></div><div class="h5"><div><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 7, 2012 at 4:38 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
shahid nayeem wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>
The attached profile.xvg and histo.xvg are here.<br>
sorry for sending earlier mail without attachments<br>
Shahid Nayeem<br>
<br></div><div>
On Wed, Mar 7, 2012 at 3:25 PM, shahid nayeem &lt;<a href="mailto:msnayeem@gmail.com" target="_blank">msnayeem@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:msnayeem@gmail.com" target="_blank">msnayeem@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
    As suggested by you I added some new window and extended some<br>
    simulation and I got the attached profile and histo file. Please see<br>
    these files. Experimentally it is known that wt protein-protein<br>
    interaction is stronger than the mutants. But I get here is reverse.<br>
    what could be the possible reason for it. My profile.xvg and<br>
    histo.xvg are right or they need more improvement.<br>
</div></blockquote>
<br>
I wouldn&#39;t base any conclusions off of them.  You have a sampling gap at just over 4 nm in the mutant simulations.  More importantly, you do not have a defined energy minimum in the mutant windows so it is impossible to calculate a reliable value for DeltaG.  Moreover, in the absence of any error estimates, you can&#39;t make any conclusions about these data.  g_wham can generate error bars for you; I&#39;d suggest you do it.<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>
    Shahid Nayeem<br>
<br>
<br>
    On Tue, Feb 28, 2012 at 7:44 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a><br></div><div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
        shahid nayeem wrote:<br>
<br>
            Thanks. But Does that mean that I should look in pullf.xvg<br>
            of each window and see whether the value is converged or<br>
            not. If not then I should extend the simulation.<br>
<br>
<br>
        I&#39;ve already made numerous suggestions.  The value in pullf.xvg<br>
        is a consequence of the nature of the system.  Looking at the<br>
        interactions between your proteins, the stability of those<br>
        proteins, etc. is far more informative, like you would for any<br>
        simulation (even those that do not make use of the pull code).<br>
<br>
<br>
        -Justin<br>
<br></div>
        --         ==============================<u></u>__==========<div><br>
<br>
        Justin A. Lemkul<br>
        Ph.D. Candidate<br>
        ICTAS Doctoral Scholar<br>
        MILES-IGERT Trainee<br>
        Department of Biochemistry<br>
        Virginia Tech<br>
        Blacksburg, VA<br></div><div>
        jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
        <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>__<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank"><u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
        &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br>
<br>
        ==============================<u></u>__==========<br></div><div>
        --         gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><div><br>
        &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
        Please search the archive at<br></div>
        <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><div><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before<br>
        posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote><div><div></div><div>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>