<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>&nbsp;</div><span><font face="Arial"><font face="Times New Roman"></font>Dear All,<pre> </pre><pre>I use the following to neutralize the charge</pre><pre> </pre><pre>"genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8",</pre><pre> </pre><pre>Then I do the following "<font face="Arial">grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr"</font>".<var id="yui-ie-cursor"></var></pre><pre> </pre><pre>However the feedback says there is no Na (sodium) moleculetype.</pre><pre> </pre><pre>I am looking forward to getting a reply from you on it, which is a fatal problem.</pre><pre> </pre><pre>Cheers,</pre><pre> </pre><pre>Wholly</pre><div></div></font><div></div></span></div></body></html>