<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 16/03/2012 6:39 PM, James Starlight wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAALQopwcX-0kCxumrfcHdqNC09P=8E6Y0vgCE7GwGmzpaBGCBw@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
            <div class="im">
              <blockquote type="cite"> 2) Also I've found that there is
                more simple way to define restraines based on the BONDS
                enty in the topology file. Could you provide me with the
                more information about this simpler way ?<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            Simpler, but not a restraint to within a region. The manual
            section we are discussing links you to the available
            documentation elsewhere in the manual. I don't have the time
            to help with every interpretation question you might have.<span
              class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
                <br>
                Mark</font></span>
            <div>
              <div class="h5"><br>
              </div>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
        <div>Mark,<br>
          <br>
          <br>
          In more details I want to generate network of disres for all
          helices H-bonds. So I want to restraint H-bond distance
          between i and i+4 atoms of the backbone.<br>
          <br>
          What is the simplest way to do such task? I think that the
          ussage of genrestr -disre could be useful for such generation
          of the complex disres because of the size of my protein. But
          how I could define the restrained atoms (i, i+4 atoms ) ? In
          the make_ndx options I didnt find the most trivial sollution
          of the such choise. So the only sollution is to define each I
          and I+4 atoms of the backbone manualy, isnt it ?&nbsp; <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Solving that will require some scripting. Because you know from
    genrestr -h that a half a matrix of distance restraints are
    generated for the index group chosen, and you only want i-&gt;i+4
    restraints, you'll need a separate index group for every i-&gt;i+4
    pair. So you can write a script that loops over calls to make_ndx to
    create a group of 2 atoms that are a suitable atom from i and i+4.
    Making make_ndx non-interactive (to call it from a script) is
    described on the website. Making a shell script to do that is a
    skill you will need to learn elsewhere.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>